В то время как мир, казалось, занимался саморазрушением, Мейтнер проходила через свой личный ад. Катастрофа началась с аншлюса Австрии 12 марта 1938 года. Исследовательница автоматически становилась гражданкой Германии, и немецкие законы, дискриминировавшие еврейское население, распространялись и на нее. Между тем в Вене гремели торжества по поводу аншлюса.
Бор начал активные и решительные действия, чтобы помочь Мейтнер найти работу в другой стране. Они рассматривали разные варианты, включая и возможность работы в Копенгагене в институте Бора, где Лиза могла бы находиться рядом со своим племянником Отто Робертом Фришем. Казалось, все было готово, но возникло еще одно препятствие: австрийский паспорт Мейтнер оказался недействительным, а немецкие власти не спешили выдавать ей новый.
В любом случае благодаря стараниям Бора существовали два запасных плана: Мейтнер могла поехать в Университет Гронингена (Голландия) или в Стокгольм, где физик Манне Сигбан, с которым она встречалась несколько десятилетий назад, как раз создавал институт физических исследований. Вполне вероятно, что в этом институте нашлось бы место и для нее. Университет Гронингена не имел финансирования и не мог платить Мейтнер, и Бор убедил физиков Дирка Костера и Адриана Фоккера организовать кампанию по сбору средств.
Ситуация в Институте кайзера Вильгельма становилась все напряженнее. На Гана давили, вынуждая его уволить Мейтнер, и она не могла больше там работать. Впоследствии Ган вспоминал:
Друзья Мейтнер ходатайствовали за нее перед властями. Немецкий химик и инженер Карл Бош (1874-1940) просил министра образования, чтобы тот позволил «знаменитой исследовательнице Лизе Мейтнер уехать в нейтральную страну — Швецию, Данию или Швейцарию». От министра пришел решительный ответ, гласивший:
Пока у Мейтнер была возможность работать, она решила оставить свою квартиру рядом с институтом и перебраться в отель. В июне 1938 года преследования евреев ужесточились, готовился закон о новых запретах, например на занятия торговлей. Друзья Мейтнер начали всерьез опасаться за нее. Жизнь исследовательницы была в опасности, ей необходимо было бежать из страны.
Никто не знал о том, что разрабатывается целый план побега Мейтнер. Для обмена сообщениями с коллегами за рубежом использовались поездки научных сотрудников. На столе у Мейтнер лежали два предложения работы, и она решилась на шведский вариант, так как считала его более перспективным. Однако как перебраться через границу? Ган сообщил Мейтнер 12 июля, что она отправится в Голландию, а не в Швецию. Выезжать нужно было на следующее утро. Лиза не знала, что друзья уже полностью подготовили ее поездку в Гронинген.