Эти письма отражали страдания Мейтнер, ее тревогу. Пока продолжалась переписка, в ноябре 1938 года Мейтнер и Гану удалось увидеться в институте Бора в Копенгагене. В этой встрече участвовали Отто Роберт Фриш и сам Бор, а обсуждение касалось трансурановых элементов и экспериментов, которые шли в Институте кайзера Вильгельма. На встрече было принято решение осуществить ключевой эксперимент, который привел к пониманию расщепления ядра.
Мейтнер остро реагировала на новости из Германии. Дата 9 ноября 1938 года вошла в историю как Хрустальная ночь, во время которой прошли масштабные еврейские погромы. Их организатором был Йозеф Геббельс, который использовал силы С А (от нем. Sturmabteilung — «штурмовые отряды»), гитлеровскую молодежь и другие сочувствовавшие организации. В ходе погромов были сожжены синагоги, магазины, тысячи евреев были схвачены и отправлены в концлагеря. Был арестован и отец Отто Роберта Фриша, Юстиниан Фриш, которого отправили в Дахау.
Для Мейтнер не могло быть новости хуже. Приближалось Рождество, а это известие стало страшным ударом для человека, и без того страдавшего от одиночества. Лиза снова поехала к Эве фон Бар-Бергиус за поддержкой, и там к ним присоединился Отто Роберт Фриш. Вот в таких драматических обстоятельствах произошла знаменитая прогулка по свежевыпавшему снегу. Казалось, мир рушится, и посреди этой катастрофы к Мейтнер пришла идея о ядерном распаде. В начале года стало известно, что Юстиниана освободили, и он собирается переехать с семьей в Швецию.
В это время Ган постарался сделать так, чтобы Мейтнер получила свои вещи, которые все еще находились в Берлине. Он упаковал библиотеку, инструменты, одежду, но после проверки, которую нацистская полиция проводила, прежде чем одобрить отправку вещей, было предписано уничтожить абсолютно все, включая книги.
Ган за год до этого занял пост директора Института кайзера Вильгельма, но нацистское правительство сомневалось в его лояльности из-за связей с еврейскими учеными, в том числе с Мейтнер. В 1939 году был основан комитет по изучению возможностей расщепления ядра и создания атомной бомбы, и Ган участвовал в его работе. Чтобы выжить на родине, ему пришлось дистанцироваться от Мейтнер, и ученый зашел в этом так далеко, что убедил самого себя в том, что был единственным открывателем расщепления ядра.
Лиза Мейтнер
Для Мейтнер ситуация в Швеции оставалась невыносимой, и никаких изменений в ней не предвиделось. Поэтому в 1939 году она попробовала получить место в Кавендишской лаборатории. Мейтнер предложили договор с условием, что она переедет в следующем году. Она очень сожалела об этой задержке, поскольку начавшаяся война закрыла ей возможность переезда в Соединенное Королевство.
Мейтнер вернулась в свой пустой кабинет в Швеции.
В 1943 году ее пригласили участвовать в Манхэттенском проекте, но Лиза решительно отказалась: она не хотела заниматься исследованиями, которые шли в США, хотя для нее согласие означало бы значительное улучшение условий жизни и работы.
В 1945 году Германия капитулировала. Мейтнер утратила связь с большинством своих друзей и ничего не знала об их судьбе.
Постепенно до нее дошли неприятные новости о том, что союзники арестовали Гана и отправили его в Фарм-холл.
После ядерной бомбардировки Японии Мейтнер, как и многие физики, прямо или косвенно знавшие о возможностях ядерного расщепления, пережили шок. Еще больше она была поражена, когда местный репортер взял у нее интервью, пытаясь выяснить степень ее участия в разработке атомной бомбы. Мейтнер утверждала, что не участвовала в проекте, но через три дня Элеонора Рузвельт попросила ее выступить в американской радиопрограмме — для этого даже была обеспечена трансатлантическая связь. Мейтнер неожиданно стала знаменитостью, о ней говорили как о человеке, которому удалось сбежать из нацистской Германии, унеся с собой секрет расщепления. Хотя Мейтнер постоянно пыталась объяснить, что ее участие сводилось к открытию физического понятия ядерного расщепления, в представлении широкой публики она стала героиней.