Однако постепенно монахи под влиянием городского окружения огрубели. Они проводили политику агрессивного обращения в свою веру по отношению и к заблудшим христианам, и к иноверцам, причем не в последнюю очередь – к евреям. Они устраивали в городах свои «миссии», где били в барабаны ортодоксального рвения и подогревали энтузиазм фундаментализма. Они стремились организовывать свои обители вблизи еврейского квартала, а то и вовсе на его территории, рассматривая их как центр, чтобы тревожить евреев. И евреи научились бояться их больше, чем любые другие христианские группы. Они видели в них воплощение начала, которым стращал Моисей во Второзаконии (32:21): «раздражу их не народом». И эта политика стала приводить к тому, что евреи либо обращались в новую веру, либо вытеснялись. В Англии именно францисканцы стояли за королевским указом, лишавшим евреев права приобретать свободные участки земли в городе; возможно, им принадлежит и определенная «заслуга» в изгнании евреев. Вскоре они перешли к откровенному антисемитизму. В 1247 году два францисканца помогали распространению клеветнических слухов насчет использования евреями крови своих жертв в г. Валре, что привело к кровавому погрому. В 1288 году вслед за аналогичными слухами в г. Труа доминиканцы и францисканцы совместно спровоцировали избиение местных евреев.
Даже в Италии, где отношение к евреям было вполне терпимым и в позднем Средневековье, францисканцы играли губительную роль. Ранее муниципальные власти позволяли евреям открывать банки при условии соблюдения правил и в обмен на круглые суммы либо на ежегодный налог. Еврейскому бизнесу удавалось выживать, поскольку они давали ссуды под 15-20%, то есть под заметно меньший процент, чем христиане. Францисканцы специализировались на городских и финансовых проблемах, и их особенно интересовало ссудное дело. Они внимательнейшим образом следили за евреями и безжалостно их преследовали в случае малейшего нарушения правил. Францисканцы проповедовали любовь, но это не относилось к евреям как народу. Монах Бернардино Сиенский так формулировал эту проблему: «С точки зрения абстрактной и всеобщей любви нам позволительно их любить. Однако конкретной любви к ним быть не может». Францисканцы организовывали бойкот и учреждали так называемые фонды благочестия, чтобы подрывать деятельность евреев; после этого они могли бы организовывать шумную кампанию за их изгнание. Влияние некоторых антисемитов-францисканцев вроде Иоанна из Капистрано распространялось на огромной территории по обе стороны Альп; его проповеди на массовых сборищах на открытом воздухе часто приводили к погромам. Его последователь Бернардино де Флетр, францисканский проповедник в третьем поколении, провел в 1475 году в Трепте собрание, которое обвинило евреев в убийстве двухлетнего мальчика. В результате последовавших за этим беспорядков все местные евреи были арестованы, многих пытали и казнили, а оставшихся выслали.