С появлением в Европе чумы («черная смерть»), которая распространилась к северу от Средиземного моря, появилась новая разновидность обвинений, направленных против евреев. Причины этой напасти были непонятны, а ее необъяснимая способность нести гибель людям (вымирало от четверти до половины населения) подталкивала людей к мысли, что это есть некая pestis manufacta,
то есть болезнь, умышленно вызванная людской деятельностью. Расследование обычно сосредотачивалось на евреях, особенно после того, как испуганные люди признавались под пытками. В сентябре 1348 года в Шильонском замке на Женевском озере евреи признались, что чума была делом рук некоего Жана Савойского, которому раввины якобы приказали следующее: «Вот, смотри, я даю тебе пакет в полпяди размером, а в нем ядовитое зелье в узком зашитом кожаном мешочке. Ты должен разнести его по колодцам, источникам и емкостям для воды в окрестностях Венеции и других местах, куда направишься». Этот вымысел распространился быстро, чему способствовали вырванные под пытками признания многих евреев. Например, во Фрейбурге один еврей так сообщил о мотивах преступления: «вы, христиане, перебили столько евреев… Кроме того, мы тоже хотим быть господами, вы правили достаточно долго». И повсюду евреев обвиняли в отравлении колодцев. 26 сентября 1248 года папа Клемент VI издал Авиньонскую буллу, где возражал против этого обвинения и приписывал его дьяволу: по его мнению, евреи страдали не меньше прочих людей. С аналогичными заявлениями выступили император Карл IV, арагонский король Петр IV и другие властители. Тем не менее, на 300 еврейских общин обрушилась волна антисемитизма, крупнейшая с 1096 года, особенно в Германии, Австрии, Франции и Испании. Согласно еврейским источникам, 6000 человек погибли в Майнце, 2000 – в Страсбурге. Карл IV посчитал возможным помиловать города, которые перебили своих евреев: «Прощение [даруется] за все проступки, при которых было совершено убийство и разрушение имущества евреев при условии, что это произошло без оповещения главных граждан, либо без их ведома, либо любым другим образом». Это помилование датировано 1350 годом, когда было уже общеизвестно, что евреи были невиновны. К сожалению, стоило антисемитизму только распространиться, как он крепко пускал корни; стоило в округе раз проявить насилие по отношению к евреям, как можно было ожидать его повторного проявления. «Черная смерть» создавала прецеденты повсюду, особенно в немецкоязычных странах.