И государство безотлагательно приняло к исполнению программу отца Альфонсо. В 1480 году в Толедо кортесы провозгласили сегрегацию. Одновременно была создана специально испанская инквизиция. Первые инквизиторы, включая генерального викария доминиканцев, назначались в центральный совет расследований по Андалусии, действовавший в Севилье. Их работа началась в январе 1481 года, и уже в ближайшие восемь лет было сожжено на костре свыше 700 человек. Согласно некоторым источникам эта цифра достигает 2000. В том же году национальная инквизиция заменила в Арагоне традиционную папскую инквизицию, а с февраля 1483 года вся организация была поставлена под централизованный контроль, и ее фактическим руководителем стал доминиканский настоятель Томас де Торквемада. Менее чем за 12 лет инквизиция вынесла приговоры около 13 000
В 1469 году настоятель Торквемада стал исповедником кастильской королевы Изабеллы; в том же году она вышла замуж за арагонского короля Фердинанда, что привело к объединению этих королевств в 1479 году. Антиеврейская политика была в какой-то степени личной заслугой этих двух монархов. У организованной ими инквизиции было много противников, как внутренних, так и внешних. Одним из них был секретарь королевы, Фернандо дель Пульгар, сам
Папская власть также была противницей инквизиции, частично потому, что та была королевским и национальным инструментом, стоящим вне пределов папской юрисдикции, отчасти же потому, что явно нарушалась естественная справедливость. В апреле 1482 года Сикст IV потребовал, чтобы за Римом было оставлено право выслушивать апелляции, чтобы обвиняемым сообщались имена свидетелей обвинения, и уж во всяком случае должен даваться отвод личным врагам и бывшим слугам, а также чтобы раскаявшимся еретикам позволяли исповедоваться и получить отпущение вместо осуждения, и чтобы им было даровано право выбора судей. Фердинанд отверг все эти требования и в своем ответе настаивал, что назначение им инквизиторов принципиально важно, поскольку во времена, когда системой руководила одна церковь, ересь процветала. Папы продолжали возражать, но безуспешно.