В одном из писем содержались советы по наилучшему порядку обучения и организации классов. Ломоносов предлагал все дисциплины разделить на три класса по наукам математическим и «которые от оных зависят»; физическим; гуманитарным или «гуманиоре», включавшим в себя историю и право. На втором курсе предполагалось преподавать по петербургскому подобию: физику, анатомию, химию и ботанику. Ученый рекомендовал, кроме профессоров, принять секретаря, «который все, что в академии предлагается, в протокол вносит, в порядок приводит». Своеобразным пророчеством великого естествоиспытателя предстала «Ода на день восшествия на престол Елизаветы Петровны», написанная Ломоносовым в 1747 году:
Спустя 10 лет после основания учреждения в качестве преподавателя теоретической медицины Московского университета приступил к работе профессор Семен Герасимович Зыбелин (1735–1802 годы). Получив диплом доктора философии в Первопрестольной, молодой ученый несколько месяцев работал и учился под руководством Ломоносова в Петербургской академии, а затем уехал на стажировку в Лейден.
В 1764 году он получил степень доктора медицины, вернулся на родину и начал читать курс физиологии и патологии с общей терапией в Московском университете. Лекции Зыбелина пользовались огромной популярностью, потому что впервые читались на русском языке. «Многие причины преждевременной гибели человечества находятся в двух источниках — физическом и политическом», — утверждал профессор в то время, когда занимался тяжелыми проблемами предотвращения эпидемий, детской смертности, гигиены и санитарии.
Присваивать ученые степени дозволялось ранее только Медицинской коллегии. В 1791 году это право получил Московский университет. Первым русским диссертантом, защитившимся в его стенах, стал выпускник Ф. И. Барсук-Моисеев (1786–1811 годы). Почти одновременно со степенью доктора медицины молодой ученый получил звание профессора и должность преподавателя в alma mater. Со второй половины XIX века доктора медицины отличались специальным серебряным знаком, носившимся на правой стороне груди, ниже всех наград. В феврале 1897 года был утвержден лекарский знак, также изготовленный из серебра, а докторский с того времени делался из золота.
К окончанию правления Екатерины II в России действовали два высших медицинских учебных заведения. На медицинском факультете Московского университета отдавалось преимущество вопросам общей патологии, терапии и физиологии. Медико-хирургическая академия в Петербурге готовила высококлассных врачей на основе углубленного изучения анатомии, топографической анатомии и хирургии. В течение 50 лет открылись еще 6 университетов в разных городах страны, включившие в свой состав медицинские факультеты. В 1802 году начал работу университет в Дерпте (Тарту), затем в Вильно (1803), Казани (1804), Харькове (1805), Киеве (1841).
В первые годы после создания российские университеты действовали на основании собственных уставов, разработанных по европейскому образцу и предусматривавших демократичность внутренних порядков. Наряду с выборами ректора, деканов и преподавателей, студентом позволялось высказывать недовольства по поводу всего, что относилось к учебе.
В начале XIX века университеты были центрами свободомыслия и самых передовых идей. Постепенно накапливавшееся недовольство властей вылилось в ряд репрессивных мер, первой из которых была ревизия Казанского университета в 1820 году. Проводивший проверку попечитель округа М. Магницкий вскрыл множество «неблаговидных фактов», традиционно начав с анатомирования. С гневом восприняв «безобразия, творившиеся в морге», он запретил аутопсии, приказал закрыть анатомические театр и музей. Все трупы, а также отдельные препараты были отпеты и похоронены по христианскому обряду. При Николае I университеты подчинялись новому уставу, отменившему автономию. Кроме того, управление высшими учебными заведениями передавалось попечителям, в свою очередь подчинявшимся царскому правительству. С отменой крепостного права в 1863 году независимость университетов была восстановлена и вновь отменена через 20 лет.