Эразм Роттердамский одним из первых отметил взаимосвязь гигиены и распространения повальных болезней. На примере англичан богослов осуждал дурные обычаи, способствовавшие переходу отдельных недугов в эпидемии. В частности, критиковались переполненные, плохо проветриваемые гостиницы, где даже днем стоял полумрак. В лондонских домах редко менялось постельное белье, домашние пили из общей чашки и целовались со всеми знакомыми при встрече на улице. Общество принимало воззрения голландского теолога с сомнением, подозревая в его словах отсутствие веры: «Он слишком далеко зашел, подумать только, он говорит, что распространению заразы содействуют даже такие священные традиции, как исповедь, омовение детей в общей купели, паломничество к дальним гробницам! Его ипохондрия известна; на предмет собственного здоровья он переписывается с большим количеством докторов, посылая ежедневные отчеты о состоянии мочи».
После опустошительной эпидемии XIV века ученым пришлось признать инфекционный характер чумы и начать разработку мер по предотвращению ее распространения. Первые карантины (от итал. quaranta gironi — «сорок дней») появились в портовых городах Италии в 1348 году. По распоряжению магистратов приезжих вместе с товаром задерживали на 40 дней. В 1403 году итальянцы организовали на острове Лазаря стационар, где монахи ухаживали за пациентами, заболевшими на морских судах во время вынужденного задержания. Позже подобные больницы стали называться лазаретами. К концу XV столетия в королевствах Италии действовала разумная карантинная система, позволявшая без затруднений изолировать и лечить людей, приезжавших из зараженных стран.
Идея изоляции инфекционных больных, вначале касавшаяся чумы, постепенно распространилась на другие заболевания. Начиная с XVI века монахи ордена Святого Лазаря принимали в свои больницы прокаженных. После бесславного завершения Крестовых походов в Европе появилась проказа (лепра). Страх перед неизвестным заболеванием, уродовавшим не только облик, но и психику человека, определил нетерпимое отношение к несчастным со стороны общества, светских и церковных властей. В настоящее время выяснено, что лепра не столь заразна, как ее представляли средневековые обыватели. Еще не зарегистрировано ни одного случая заражения врачей или санитарок в современных лепрозориях, хотя персонал находится в непосредственном контакте с инфицированными.
Период от заражения до смерти часто длился несколько десятков лет, но все томительные годы больной человек официально считался умершим. Прокаженных публично отпевали в храме и объявляли мертвыми. До появления приютов эти люди собирались в колониях, устроенных вдали от любых поселений на специально отведенных участках. «Мертвым» запрещали работать, однако позволяли просить подаяние, пропуская за городские стены только в назначенные дни. Одетые в черные хламиды и шляпы с белой лентой, прокаженные скорбной процессией ходили по улицам, отпугивая встречных звоном колокольчика. Делая покупки, они молча указывали на товар длинной тростью, а на узких улочках прижимались к стенам, сохраняя предписанное расстояние между собой и прохожим.
По окончании Крестовых походов проказа распространилась по Европе в невиданных масштабах. Такого количества больных не было в древности и не будет в будущем. Во времена правления Людовика VIII (1187–1226 годы) на территории Франции работало 2 тысячи приютов для прокаженных, а на континенте их было около 19 тысяч. С началом Ренессанса заболеваемость лепрой стала ослабевать и почти исчезла в Новое время. В 1892 году мир потрясла новая пандемия чумы, но болезнь возникла и осталась в Азии. Индия потеряла 6 млн. своих граждан, через несколько лет чума появилась на Азорских островах и дошла до Южной Америки.
Помимо «черной смерти», жители средневековой Европы страдали от «красной смерти», называя так моровую язву. Согласно греческой мифологии, царь острова Крит, внук легендарного Миноса, однажды во время бури обещал Посейдону за возвращение домой принести в жертву первого встречного. Им оказался сын правителя, но жертва посчиталась неугодной, и боги покарали Крит моровой язвой. Упоминание об этой болезни, которую часто считали одной из форм чумы, встречалось в древнеримских хрониках. Эпидемия моровой язвы началась в осажденном Риме 87 года до н. э., став следствием голода и отсутствия воды. Симптоматика «красной смерти» описана в рассказе американского писателя Эдгара По, представившего болезнь в образе фантастического существа: «Уже давно опустошала Англию Красная смерть. Ни одна эпидемия еще не была столь ужасной и губительной. Кровь была ее гербом и печатью — жуткий багрянец крови!
Неожиданное головокружение, мучительная судорога, потом изо всех пор начинала сочиться кровь и приходила смерть. Едва на теле жертвы, и особенно на лице, выступали багровые пятна, никто из ближних уже не решался оказать поддержку или помощь зачумленному. Болезнь, от первых ее симптомов до последних, протекала меньше получаса».