Самые печальные страницы истории связаны со второй пандемией чумы, начавшейся в 1347 году. За 60 лет господства «черной смерти» в Европе погибло 25 миллионов человек, то есть приблизительно четверть населения континента, включая жителей Англии и Гренландии. Согласно средневековым хроникам, «из-за чумы обезлюдели целые деревни и города, замки и рынки настолько, что на улице трудно было найти живого человека. Зараза была такой сильной, что тот, кто коснулся больного или мертвого, скоро сам захватывался болезнью и умирал. Одновременно хоронили исповедавшихся и исповедников. Страх смерти удерживал людей от любви к ближнему и священника от исполнения последнего долга перед усопшими».
Во Франции жертвами второй пандемии чумы стали Жанна Бурбонская, супруга французского короля Филиппа Валуа; Жанна Наваррская, дочь Людовика X. Испания и Германия похоронили своих правителей Альфонса Испанского и Гюнтера; погибли все братья шведского короля. После того как болезнь отступила, жители многих городов Европы возвели памятники жертвам чумы. Достоверные события, связанные с эпидемией, отражались в литературе и живописи.
Итальянский писатель Джованни Боккаччо (1313–1375 годы) находился во Флоренции в 1348 году. Потрясенный смертью отца и всеми ужасами, пережитыми за несколько лет обитания в зараженном городе, он описал эпидемию чумы в знаменитом романе «Декамерон». Боккаччо стал единственным литератором, представившим «черную смерть» не только в качестве исторического факта или аллегории. Сочинение представляло собой 100 историй, рассказанных от имени благородных флорентийских дам и молодых людей. Повествование проходило на фоне эпидемии чумы, от которой благородное общество пряталось в загородном поместье. Автор рассматривал чуму как социальную трагедию или кризис состояния общества в период перехода от Средневековья к Новому времени.
В разгар эпидемии в больших городах ежедневно умирало 500 — 1200 человек, и погребать в земле столь огромное количество умерших оказалось невозможным.
Папа Римский Климентий VI, находившийся тогда в Авиньоне (Южная Франция), освятил воды реки Роны, разрешив бросать в нее трупы. «Счастливые потомки, вы не будете знать таких адских несчастий и сочтете наше свидетельство о них за страшную сказку», — восклицал итальянский поэт Франческо Петрарка, сообщая в письме о трагедии прекрасного итальянского города Флоренции. В Италии от чумы скончалось около половины населения: в Генуе — 40 тысяч, в Неаполе — 60 тысяч, во Флоренции и Венеции умерло 100 тысяч, человек, что составляло две трети населения.
Предположительно чума была завезена в Западную Европу из Восточной Азии, через порты Северной Африки попала в Геную, Венецию и Неаполь. По одной из версий, к берегам Италии прибивались корабли с вымершими от чумы экипажами. Корабельные крысы, вовремя не покинувшие судна, обосновались в портовых городах и передавали смертельную заразу через блох, которые являлись носителями, так называемых чумных палочках. На замусоренных улицах крысы нашли идеальные условия для обитания. Через крысиных блох заражались почва, зерно, домашние животные, люди.
Современные медики связывают эпидемический характер чумы с ужасающей антисанитарией средневековых городов, с точки зрения гигиены невыгодно отличавшихся от античных полисов. С падением Римской империи ушли в прошлое полезные санитарно-гигиенические достижения древности, перестали исполняться и постепенно забылись строгие предписания, касающиеся ликвидации отбросов. Бурный рост европейских городов, лишенных элементарных гигиенических условий, сопровождался накоплением бытовых отходов, грязи и нечистот, увеличением численности мух и крыс, ставших переносчиками различных инфекций.