Начиная с XIV века врачебная школа Салерно постепенно утрачивала былой авторитет, уступая место другим медицинским учебным заведениям. Формирование университетской системы началось еще в середине XIII столетия и было связано с ростом городов, развитием ремесел, политическим переустройством государств Западной Европы. В период раннего Средневековья союзы представителей одной профессии назывались латинским словом «universitas», что означало «общность». Впоследствии так стали именоваться общности преподавателей и воспитанников школ, определив термин «университет».
Статус университета первой получила юридическая школа в Болонье (1158), затем подобное правовое положение утвердилось за английскими школами в Оксфорде и Кембридже (1209). Следующим стали учебные высшие заведения в Париже (1215), испанском городе Саламанке (1218), Падуе (1222), Неаполе (1224), во французском Монпелье (1289), в Лиссабоне (1290), Праге (1348), Кракове (1364), Вене (1365). Последними статус университета обрели средневековые немецкие школы в Гейдельберге (1386), Кёльне (1388) и Лейпциге (1409).
Ранние университеты состояли из трех основных и одного подготовительного факультетов. Термин «факультет» (от лат. facultas — «способность») сначала применялся только в Парижском университете. Основатель этого заведения, Папа Римский Григорий IX, решил таким образом различать специальности. Обязательное образование заключалось в освоении специальных дисциплин, утвержденных для каждого из факультетов: богословия, медицины или права. Для того чтобы по окончании университета получить степень магистра (доктора), студенту вменялось проштудировать общие науки, изучаемые на подготовительном (артистическом) факультете. По аналогии с византийской методикой преподавания слушателям предлагались 7 свободных искусств. Далее шла программа «Trivium», включавшая в себя грамматику, диалектику и риторику. Заключительный курс «Quadrivium» состоял в постижении математики, геометрии, астрологии, теории музыки. Усвоившие артистические науки и успешно выдержавшие экзамены получали право именоваться магистрами искусств и продолжали учиться по избранной специальности.
Привычное сегодня слово «студент» произошло от латинского термина «studere» — «учиться». Средневековые университеты были многонациональными образовательными учреждениями с довольно мягкими условиями. Здесь не ограничивался срок обучения, не предписывался возраст и начальная подготовка. Оттого учились обычно зрелые люди, часто опытные врачи или лица, занимавшие высокое положение в обществе. К Средневековью не подходит современное выражение «сидели за партой», так как студенты размещались на скамьях вдоль стен просторного зала и внимательно слушали лектора, восседающего на высоком кресле. Количество студентов одной специальности редко превышало 10 человек, но по качественному составу можно было судить о престиже высших школ того времени: лекции посещали архидьяконы, прелаты, знатные феодалы.
Средневековым студентам приходилось рассчитывать только на свою память. Постижение наук предусматривало слушание и запоминание лекций на латыни, потому как книги считались роскошью. До появления книгопечатания в XV веке тексты записывались на листах пергамента. Переписчики из монастырей трудились над каждым фолиантом по нескольку лет, поэтому книги стоили очень дорого. Наиболее ценные рукописи хранились рядом с кафедрой, намертво прикрепленные к ней цепями. Известно, что в XV веке медицинский факультет знаменитого Парижского университета владел всего 12 книгами. Вероятно, в других учебных заведениях их было еще меньше.
В терминологии старинных учебных заведений можно встретить множество современных слов. Например, деканом (от лат. decanus — «десять») вначале именовался студент, своеобразно исполнявший роль старосты группы. От первых университетов осталась традиция называть главу высшей школы ректором (от лат. rector — «управитель»). Однако в Средневековье почетные должности декана и ректора занимали особы, имевшие высокий духовный сан.