Пожалуй, наиболее болезненной проблемой на Балканах в течение всего ХХ века является положение мусульманского и тюркоязычного меньшинства. Это население воспринималось подавляющим большинством балканских народов (за исключением Турции) как чуждое и инородное на Балканах и как напоминание об османской деспотии и национальном угнетении. Турки и мусульмане после распада Османской империи подвергались жесточайшим гонениям, большая их часть покинула Балканы как в соответствии с международными договорами, так и из-за притеснений со стороны администрации и населения новых балканских государств. Оставшиеся продолжали подвергаться различного рода притеснениям, на что неоднократно отвечали восстаниями и волнениями вплоть до начала Второй мировой войны. С началом ее на Балканах действовала "добровольческая" горнострелковая дивизия СС Боснии и Герцеговины.
После распада Османской империи численность тюркоязычного и мусульманского населения сначала уменьшилась, но потом начала расти, что вызвало беспокойство в государствах, где оно проживает. В настоящее время компактно тюркоязычное меньшинство проживает на территории Восточной части Балкан, которая сегодня поделена между Болгарией, Грецией и Турцией. Мусульманское население включает в себя не только тюркоязычное, но и группы балканских народов, принявших в свое время ислам. Это - албанцы (большинство), болгары, греки, сербы, цыгане, черкесы и т. д.
В Западной Фракии (северо-восточная Греция) насчитывается более 100 тысяч турок-мусульман, в юго-восточной Болгарии проживало, по разным сведениям, от 500 до 900 тысяч. В то же время исторические источники средних веков свидетельствуют, что население этих районов было в основном славянским. Правда, в Греции опровергают это, утверждая, что здесь преобладало греческое население. В период османского правления турки постепенно заселяли юго-восточные Балканы, происходили также исламизация и отуречивание славянского и греческого населения.
Турко-мусульманское население в Болгарии и Греции образуют самое большое национальное меньшинство. Его положение в этих и других государствах было приблизительно одинаково, о чем было сказано выше, хотя на какое-то короткое время в Болгарии турко-мусульманскому меньшинству было предоставлено право на национально-территориальную автономию и в начальных школах велось преподавание на турецком языке. В начале 1980-х годов коммунистический режим Болгарии попытался осуществить натурализацию этого населения, поскольку стал подозревать его в сепаратистских намерениях. Тогда в короткое время все турецкие и мусульманские имена в юго-восточной Болгарии были заменены на болгарские без согласия людей. В ответ начался исход тюркоязычного населения в Турцию. В Югославии мусульмане были признаны как особая этническая группа.
В настоящее время международно-политический статус мусульманских групп в балканских странах повысился. В Болгарии тюркоязычные мусульмане образовали свое движение. А их деловая активность, связи с соседней Турцией составляют значительный фактор в экономике Болгарии. То же самое можно сказать об албанских мусульманах Македонии. Поддержка Западом мусульман Боснии и Албании, а также сепаратистского движения албанских мусульман Косово в Югославии может принципиально изменить общую ситуацию на Балканах, если учесть, что эти мусульманские группы еще опекаются Турцией и рядом арабских государств и исламских организаций. В любом случае можно констатировать, что балканские мусульмане уже не представляют как прежде "вещь в себе". Они, как показывает опыт Болгарии и всей бывшей Югославии, консолидируются на политическом уровне, имеют свои программы и институты выражения и защиты своих интересов. Так что перед всеми балканскими государствами стоит вопрос о признании нового статуса мусульман и установлении с ними таких отношений, которые позволили бы интегрировать их в политические и международные процессы на новом уровне. Сохранение стабильности на Балканах требует особых усилий по организации мирного и продуктивного диалога и взаимодействия религиозных конфессий, чтобы живущие рядом и практически говорящие на одном языке народы больше не убивали друг друга только потому, что принадлежали к разным религиям.
Проблема положения национальных меньшинств на Балканах тесно связана с проблемой безопасности государств. Примером является динамика греко-турецких отношений. Но прежде всего следует поставить такой вопрос: допустимо ли создание политической партии на религиозно-этнической основе?