В свою очередь, ухудшение отношений между балканскими государствами отрицательно сказывается на положении национальных меньшинств. Так, для греко-турецких отношений второй половины ХХ века характерно, что все случаи их обострения непосредственно отражались на жизни греческого меньшинства в Турции. Например, увеличивалось число провокаций и угроз в адрес греческого населения, а также количество вооруженных нападений и убийств представителей этого меньшинства. Так было в 1955, 1964, 1974 годах. Во время греко-турецкого кризиса 1974 года на островах Имброс и Тенедос греческое меньшинство подверглось грабежам и насилию. В это же время в Греции в Западной Фракии можно было увидеть сгоревшие мечети, угрожающие надписи на стенах домов мусульман, представители мусульманских общин также нередко подвергались насилию.
В значительной степени взаимная психологическая нетерпимость создает проблему национального меньшинства и является одной из причин возникновения конфликта. Сложная история Балкан, оставившая в памяти их народов не одну зарубку, сформировала противоречивую систему взаимовосприятий, стереотипов представлений друг о друге.
Пожалуй, общим для большинства балканских народов была память об османском прошлом и негативное восприятие Турции как наследницы Оттоманской империи. В этом они абсолютно солидарны. Конечно, актуализация памяти происходит у каждого народа по своему. Для Греции это связано с территориальным спором и соперничеством с Турцией в Эгейском море, а также военной поддержкой Анкарой де-факто раздела Кипра. В Болгарии так же есть те, кто считают, что территории Западной Фракии могли бы принадлежать болгарскому государству. В период вхождения Болгарии в Организацию Варшавского Договора Турция рассматривалась как основной ее вероятный противник.
Отношение балканских государств к Турции определяется не только их претензиями на ее территорию и озабоченностью по поводу своей безопасности. В своих негативных стереотипах по отношению к туркам балканские народы самоутверждаются, выстраивая удобную для себя иерархию оценок: "мы лучше, чем они". Так, Турция и турки воспринимаются как олицетворение азиатчины, восточного деспотизма и коварности, верный союзник Запада, сателлит США. * В негативном отношении к Турции есть и скрываемое чувство если не зависти, то неудовольствия тем, что Америка так опекает эту азиатскую страну, не имеющую права называться европейской. Соответственно Турция воспринимается как враг. В настоящее время обращается особое внимание на различного рода радикальные высказывания турецких политических и общественных деятелей, которые истолковываются однозначно как стремление Анкары к реваншу, воссозданию Османской империи или реализации идей пантюркизма и панисламизма.
Другой страной, традиционно воспринимаемой негативно рядом балканских государств, является Греция. Это связано с византийским периодом истории балканских народов, когда могущественная империя решала их судьбы по собственному усмотрению. В греческой ретроспективе соседние балканские народы видят потенциальную угрозу их целостности и безопасности. И если на государственном уровне вопрос о границах не поднимается, то в общественных кругах Албании и Болгарии оспаривается принадлежность ряда северных районов Греции и идентификация его населения. Турция же претендует на острова в Эгейском море, находящиеся в непосредственной близости от ее западного побережья, принадлежащие Греции. В памяти турок осталась и последняя греко-турецкая война, когда ослабленная в ходе Первой мировой войны Турция подверглась агрессии со стороны соседнего государства.
Естественно, что у Турции и Греции есть свои восприятия. Традиционно говорится о "славянской угрозе", попытках некоторых соседних государств расширить свои границы "от моря до моря", ассимилировать соответственно турецкое и греческое население. Анкарой и Афинами высказывается озабоченность и по поводу положения мусульманского населения и греческой церкви.