По другому сценарию продолжался спор между Грецией и Турцией по поводу принадлежности целого ряда островов в Эгейском море. Здесь переплелись проблемы безопасности и экономические интересы, сочувствие и солидарность по отношению к греческому или турецкому населению островов, болезненные воспоминания о прошлом. Поводом для ухудшения отношений могло быть и то, что турки, по мнению греческой стороны, не достаточно уважительно или бережно относятся к памятникам античной культуры и распродают их в зарубежные коллекции.
С тех пор как Греция провозгласила свою независимость, в повестку дня греко-турецких отношений непрерывно ставился вопрос о разделении морских пространств Эгейского моря. Согласно Лондонскому протоколу от 3 февраля 1830 года, подписанному Францией, Великобританией и Россией, с одной стороны, и Оттоманской империей — с другой, острова, расположенные в восточной части Эгейского моря, принадлежат Греции.
В конце XIX — начале XX века Турция теряет одну за другой свои провинции, а вместе с ними и контроль над Эгейскими островами. Во время первой Балканской войны Греция оккупирует множество островов в северо-восточной и центральной части Эгейского моря. Первая попытка узаконить это положение выразилась в подписании Лондонского договора 1913 года, согласно которому Турция уступала остров Крит, а вопрос о других турецких островах в Эгейском море передавался на рассмотрение великих держав. Афинский мирный договор 1914 года, предотвративший едва не возникшую войну между Грецией и Турцией из-за Эгейских островов, подтвердил статью 5 Лондонского договора 1913 года, по которой вопрос о принадлежности спорных островов передавался на рассмотрение великих держав. Поражение Турции в Первой мировой войне и ее тяжелое экономическое, политическое и военное положение были использованы державами Антанты для окончательного раздела бывшей Оттоманской империи.
Согласно Севрскому мирному договору 1920 года, Восточная Фракия с Эдирне (Адрианополем), европейский берег Дарданелл и весь Галлипольский полуостров, а также Измир (Смирна) отходили к Греции. Успехи турецких национально-освободительных сил в борьбе с англо-греческой интервенцией и упрочение международного положения Турции вынудили ряд держав Антанты согласиться на пересмотр договора. Вопрос о разделении островов и морского пространства Эгейского моря частично был решен Лозаннским мирным договором 1923 года.
Греции в настоящее время принадлежат около 2500 островов, а под суверенитетом Турции находятся около шестидесяти островов, расположенных в шести милях от Анатолийского берега. Такое распределение островов Эгейского моря является одной из причин греко-турецкого конфликта, в котором можно выделить четыре основных предмета спора: морское пространство; континентальный шельф; воздушное пространство; юридический статус островов.
Напряженный характер греко-турецких отношений обострил вопрос о демилитаризации восточных островов Эгейского моря и в соответствии с Лозаннским договором 1923 года эти острова были демилитаризованы. В статье 13 этого договора говорится, что «в видах обеспечения сохранения мира, Эллинское правительство обязуется соблюдать следующие меры на островах Митилена, Хиос, Самос и Никерия:
1. Никакие морские базы и никакие укрепления не будут устраиваться на названных островах.
2. Греческой военной авиации будет воспрещено летать над территорией Анатолийского побережья, а турецкое правительство воспретит своей военной авиации летать над названными островами.
3. Эллинские военные силы на названных островах будут ограничены призванным для военной службы нормальным контингентом, который может обучаться на месте, а также численным составом жандармерии и полиции, пропорциональным численному составу жандармерии и полиции, существующему на всей в целом эллинской территории».
На основании статьи 12 принцип демилитаризации распространяется на все греческие острова — Лемнос, Самофракия, Митилена, Хиос, Самос и Никерия. В соответствии со статьями 4 и 6, касающимися проливов, устанавливается демилитаризованный статус островов, расположенных у входа в Дарданеллы. После Второй мировой войны юго-восточные острова Эгейского моря Додеканезские, в силу Парижского договора 1947 года отошли к Греции, и для них был устанавлен режим демилитаризации. Однако в начале 1960-х годов Греция постепенно приступила к ремилитаризации своих восточных островов. Турция с беспокойством следила за нарушениями международных договоров. Только за период 1970–1980 годов турецкая сторона направила более пятидесяти нот протеста по этому поводу, обеспокоенная безопасностью своих восточных границ. Первоначально греческая сторона отрицала тот факт, что проводится милитаризация. С середины 1970-х годов Греция заявила, что она имеет право укреплять в военном отношении свою восточную границу, поскольку обстоятельства, при которых были подписаны Лозаннский и Парижский договоры, изменились коренным образом. По мнению Афин, существует несколько причин, которые не позволяют Греции соблюдать эти договоры.