Но за Ляпуновым никто не пошел, наоборот, толпа стала пятиться назад. Надо полагать, за спиной Шуйского появились вооруженные люди. Чтобы толпа не разбежалась, зачинщики беспорядков Федор Хомутов и Иван Никитич Салтыков стали звать народ идти к Лобному месту.
Толпа отхлынула и направилась на Красную площадь, где уже собралось множество людей. Они уже не помещались на Красной площади, и Ляпунов предложил двинуться за Москву-реку к Серпуховским воротам и устроить на большом пустыре нечто вроде веча. Там, естественно, оказались и бояре-заговорщики.
Несмотря на протесты патриарха Гермогена, бояре приговорили бить челом царю Василию Ивановичу, чтоб он царство оставил, так как кровь большая льется, а в народе говорят, что он, государь, несчастлив, и украинские города, которые присягнули «вору», его, Василия Ивановича, на царство не хотят. Подавляющее большинство поддержало бояр. К Шуйскому поехал его свояк князь Иван Михайлович Воротынский с поручением просить царя оставить московский престол и взять себе в удел Нижний Новгород. Шуйский вынужден был согласиться и переехал с женой из дворца на свое боярское подворье.
Но Василий Иванович не успокоился, он надеялся вернуть себе утраченную власть, собирал своих приверженцев, подкупал стрельцов. Да и обстоятельства благоприятствовали Шуйскому: тушинцы обманули москвичей. Москвичи свергли Шуйского, тушинцы же только посмеялись над москвичами: «Вы не помните государева крестного целования, потому что царя своего с царства ссадили, а мы за своего помереть рады». Тогда Гермоген стал требовать возвести Шуйского опять на престол. Настроение горожан постепенно менялось в пользу Шуйского. Это заставило заговорщиков пойти на крайние меры. 19 июля Ляпунов с князьями Засекиным, Тюфякиным, Мерином-Волконским, Михаилом Аксеновым и другими, позвав с собой монахов Чудова монастыря, пошли к Василию Шуйскому и велели ему принять монашеский сан. Но бывшему царю одна мысль отказаться навсегда от престола была невыносима, особенно теперь, когда обстоятельства складывались в его пользу. Шуйский отчаянно сопротивлялся, поэтому Ляпунов и еще несколько человек держали его во время пострига, а князь Тюфякин произносил за Шуйского монашеские обеты, бывший царь же всё твердил, что не хочет пострижения. Это насильственное пострижение патриарх не признал, а называл монахом князя Тюфякина. Тут же насильно была пострижена и жена Шуйского Мария под именем Елена. Бывшего царя, а ныне «инока Варлаама» в крытой повозке отвезли в Чудов монастырь. Братья Шуйские были заключены под стражу.
Вскоре после ввода польских войск в Москву гетман Жолкевский потребовал от семибоярщины удалить Василия Шуйского с братьями из Москвы. Патриарх Гермоген по-прежнему не признавал его монахом, а многие москвичи всё еще считали Василия законным православным царем.
Бояре отправили бывшего царя в Иосифо-волоколамский монастырь, а его братьев — в крепость Белую, откуда удобнее было переправить их в Польшу. Гермоген, кажется, догадывался о намерениях Жолкевского и добивался переправки Шуйского в Соловецкий монастырь, но гетман не согласился. Царицу Марию отправили в Суздаль в Покровский монастырь.
В конце октября, покидая Москву, гетман Жолкевский взял с собой царя Василия, его брата Дмитрия с женой и брата Ивана Пуговку.
20 октября король Сигизмунд писал московским боярам: «По договору вашему с гетманом Жолкевским велели мы князей Василия, Дмитрия и Ивана Ивановичей Шуйских отослать в Литву, чтоб тут в господарстве Московском смут они не делали, поэтому приказываем вам, чтоб вы отчины и поместья их отобрали на нас, господаря». Как видим, для удаления Шуйского у поляков были причины не только политические, но и вполне меркантильные.
30 октября 1610 года гетман Жолкевский торжественно въехал в королевский стан под Смоленском. Жолкевский представил Сигизмунду сверженного царя Василия и его братьев Дмитрия и Ивана. По свидетельству поляков, когда от Василия потребовали, чтобы он поклонился королю, тот ответил: «Нельзя московскому и всея Руси государю кланяться королю: праведными судьбами божиими приведен я в плен не вашими руками, но выдан московскими изменниками, своими рабами».