Методы управления и организации колоний разрабатывались португальцами на протяжении веков. Португалии принадлежит сомнительная честь создания первой колониальной системы Нового времени.
Португальская административная система управления колониями, продержавшаяся почти без изменений вплоть до начала XIX в., окончательно сложилась к середине XVII в. Была найдена та искомая форма колониального управления, которая обеспечивала Португалии получение максимальных выгод от своих заморских колоний.
В основу системы колониального управления был положен принцип бюрократического централизма. Вплоть до начала XVII в. управление колониями от имени короля осуществляли канцлер, казначей и королевские секретари. В 1604 г. был учрежден Совет по делам Индий, в котором были две секции: одна занималась делами Бразилии и Африки, а другая — португальскими владениями в Индии и других странах Азии. В 1642 г. король Жуан IV реорганизовал Совет по делам Индий в Совет по делам заморских владений. Этот совет был своего рода министерством колоний, в обязанности которого входили подготовка законов для колоний, назначение высших должностных лиц (включая губернаторов, епископов и архиепископов), введение новых налогов и контроль за их сбором.
Во главе каждой колонии стоял генерал-губернатор, представляющий высшую военную и гражданскую власть. Ему подчинялось большое число чиновников разного уровня. Колонии более крупных размеров объявлялись капитаниями, и во главе их стояли капитаны, назначаемые королем.
Весьма распространена была практика покупки и даже перекупки должности капитана.
В 1505 г. португальское правительство создало особую административную единицу для своих владений на Востоке, получившую название «государство Индии». Это была огромная Восточная империя Португалии, растянувшаяся от мыса Доброй Надежды до Индонезии.
Высшей административной властью «государства Индии» был вице-король, назначавшийся на три года. Его резиденция находилась в Гоа (Индия).
Все высшие должностные лица колониальной администрации назначались на срок не более трех лет и должны были возвращаться в метрополию тотчас же по прибытии их преемников. Такой порядок был продиктован стремлением королевской власти превратить колониальных чиновников в послушных исполнителей своей воли и гарантировать себя от каких-либо попыток колониальных функционеров выйти из-под повиновения метрополии.
Эта постоянная смена высших функционеров колониального аппарата имела самые тяжелые последствия для колоний, которые были объектами административного произвола и хищнической эксплуатации со стороны чиновной бюрократии, стремившейся, в сущности, лишь к одному — максимальному обогащению в возможно короткий срок.
Все высшие административные и судебные должности в колониях занимали португальцы — уроженцы метрополии. Как правило, это были разорившиеся дворяне, которым, так сказать, ничего не светило в метрополии. Они приезжали в колонии на временное жительство с целью поправить свои дела и разбогатеть в возможно короткий срок. Главные доходы колониальным чиновникам давало не официальное жалованье (впрочем, весьма высокое), а злоупотребления и неограниченный произвол, открывавшие широкие возможности для быстрого обогащения.
Широкие полномочия чиновников, бюрократический централизм, продажа должностей, казнокрадство составляли отличительные черты португальского колониального аппарата.
Лиссабонское правительство смотрело сквозь пальцы на злоупотребления колониальной администрации и даже тайно поощряло их. Колониальные чиновники занимаются вымогательством и взятничеством? Ну и пусть занимаются этим сколько угодно, ведь нажитые ими богатства широким потоком текут в метрополию.
Во всех звеньях колониального аппарата царили неслыханная коррупция и взяточничество. Высшие функционеры обнаруживали удивительную изобретательность по части всякого рода злоупотреблений служебным положением. Силва Корреа свидетельствует, что португальские купцы обращались к капитан-мору (коменданту) с просьбой предоставить им носильщиков, за что он получал с них крупные взятки. Кроме того, он отправлял с этими носильщиками для продажи свои собственные товары «в самые отдаленные и выгодные места». «Вообще, — сообщает этот весьма осведомленный информатор, — капитан-мору грозил невероятный позор, если он не мог сделать свою торговлю исключительной и получить большие барыши. Все старались избежать этого позора любыми средствами, поскольку короткий срок в три года недостаточен, чтобы нажить значительное состояние».
Попустительская политика королевского двора, не пугавшая слабых и не стеснявшая сильных, создавала возможности для неслыханного обогащения баловней судьбы, вознесенных на высшие ступени бюрократической иерархии. Губернатор Анголы Луиш Сезар де Менезиш (1697—1701) обвинялся в том, что вернулся из колонии с состоянием 1,5 млн. крузадо. Королевский указ от 5 октября 1742 г. констатировал: «Среди моих вассалов в королевстве Ангола существует чрезмерная и ненужная роскошь в одежде, в трапезах и при похоронах».