Нкавандаме и некоторые другие вожди маконде выступали за сохранение родоплеменных институтов, против эмансипации женщин, были сторонниками «черного расизма», призывая убивать всех белых, включая военнопленных. Нкавандаме одобрял нападения крестьян маконде на португальских поселенцев и рассматривал конфликт с колонизаторами в категориях расовой эмансипации. Он пользовался поддержкой так называемого Совета старейшин маконде, пытавшегося убедить ФРЕЛИМО сохранить традиционные племенные структуры. Машел и другие лидеры фронта выступили против таких «феодальных пережитков», считая, что они представляют собой систему эксплуатации, столь же достойную осуждения, как и эксплуатация колонизаторов.
Будучи избран на I съезде ФРЕЛИМО членом ЦК и став секретарем провинции Кабу-Делгаду, Нкавандаме сосредоточил в своих руках практически неограниченную власть в провинции, рассматривая ее как свою феодальную вотчину. Став председателем Провинциального кооперативного комитета, он контролировал с его помощью всю торговлю между Мозамбиком и Танзанией, которая проходила через его провинцию. Хотя программа деятельности кооперативов была выработана ЦК ФРЕЛИМО в сотрудничестве с правительством Танзании, он всячески противился контролю со стороны членов ЦК, а узнав, что ЦК собирается реорганизовать кооперативы, с тем чтобы ликвидировать злоупотребления и коррупцию, начал выступать с обвинениями в адрес руководства ФРЕЛИМО.
К середине 1968 г. революционно-демократическое ядро в ЦК ФРЕЛИМО пришло к следующим выводам: когда в ЦК возникало «различие мнений», против этого ядра всегда выступали одни и те же люди; последние события прояснили характер оппозиции; взгляды оппозиции поддерживал вице-президент У. Симанго.
Стало предельно ясно, что во ФРЕЛИМО существуют два течения — революционно-демократическое, основанное на марксистской идеологии, и контрреволюционное, базирующееся на мелкобуржуазной националистической идеологии. Возникла необходимость в созыве II съезда ФРЕЛИМО. 26 мая 1968 г. Мондлане объявил, что съезд начнет работу 31 июля, но не указал место его проведения. Вопросы, которые должны были решаться на съезде, были определены с предельной четкостью: «Мозамбикский народ имеет право знать, что недавно произошло в Танзании… Именно на съезде этот вопрос будет разъяснен нашему народу».
Делегаты съезда должны были обсудить «проблемы развития политико-социальных структур, в том числе следующие: 1) выработка отношений между военной и гражданской администрацией; 2) средства увеличения производства в сельском хозяйстве, кооперативах, торговле, хлопчатобумажной промышленности и т.д.; 3) создание и улучшение школ, курсов для взрослых, медицинских центров и других социальных служб; 4) совершенствование внешней политики, направленной на дружбу и сотрудничество с прогрессивными силами и враждебной империализму».
Революционно-демократическое крыло ЦК во главе с Мондлане выступило за проведение съезда в одном из освобожденных районов страны, в то время как Нкавандаме и его сторонники потребовали, чтобы он прошел в Южной Танзании. Другим спорным вопросом был состав делегаций от провинций, где шла вооруженная борьба (Кабу-Делгаду, Ньяса, Тете). В конечном счете было решено, что каждая провинция пошлет по 17 делегатов (9 военных и 8 политических работников). Это решение, а также решение провести съезд в Ньяса означали поражение фракции Нкавандаме.
Открытый конфликт между руководством ФРЕЛИМО и группой Нкавандаме произошел на самом съезде, который состоялся в июле 1968 г. Попытка Нкавандаме обеспечить себе большинство голосов на съезде, включив в число делегатов членов Совета старейшин маконде, окончилась провалом. Тогда делегация Кабу-Делгаду во главе с Нкавандаме покинула съезд и организовала свой «съезд» в Мтвара (Танзания) в начале августа.
Попытки руководства ФРЕЛИМО и членов правительства Танзании убедить Нкавандаме и старейшин маконде пересмотреть свои ошибочные позиции с тем, чтобы избежать раскола фронта, ни к чему не привели. На II съезде победила линия руководства ФРЕЛИМО. Были приняты решения об эмансипации женщин, о гуманном обращении с военнопленными, о замене племенных старейшин выборными комитетами самоуправления и др. Съезд высказался за то, что военные задачи ФРЕЛИМО должны быть подчинены политическим целям, главная из которых — создание нового Мозамбика.
Нкавандаме отказался признать решения съезда и провозгласил Кабу-Делгаду независимой республикой. Он приказал закрыть границу между Танзанией и провинцией Кабу-Делгаду и расстреливать всех членов ФРЕЛИМО, которые попытаются нарушить этот приказ. Для этой цели организовали специальные вооруженные отряды, которые должны были патрулировать южную границу Танзании в поисках членов ФРЕЛИМО, осмелившихся ее пересечь без разрешения Нкавандаме. По его распоряжению 22 декабря 1968 г. на границе был убит командующий вооруженными силами ФРЕЛИМО Паулу Канкомба.