В конце беседы император поинтересовался, кого, собственно, прокурор собирается привлечь к суду, а когда услышал в ответ, что суда заслуживают все должностные лица от министра до начальника депо, то осторожно напомнил, что этот вопрос подлежит рассмотрению Особого совещания при Государственном совете. Прощаясь, Государь вежливо осведомился, когда Кони собирается вернуться к делам следствия, и милостиво разрешил ему подвергнуть допросу министра путей сообщения Посьета и начальника своей личной охраны Черевина.
Возвращались они из Гатчины в хорошем настроении: Манасеин — от того, что все прошло благополучно, а Кони прикидывал наиболее выгодные пассажи своей обвинительной речи в Верховном суде. Жизнь выбирала при этом свои непредсказуемые повороты. Кони не преминул допросить сначала Посьета, а затем и Черевина в их служебных кабинетах под протокол. Это было весьма необычно для того времени, но совершенно бесполезно для следствия. Посьет вел себя замкнуто и настороженно, он совсем не отрицал очевидных упущений, находя для них вполне реальные объяснения. Черевин вообще заявил, что технические вопросы — не его дело и он никогда не отдавал распоряжений, выходящих за рамки его компетенции, тем более Посьету. Черевин при этом остался верен себе и не удержался от острого слова. Он выразил Кони надежду, что Посьет не будет разжалован в матросы. Министр путей сообщения Посьет был по основной своей специальности моряк в чине адмирала. Кроме того, Константин Николаевич Посьет был признанным и уважаемым организатором в области развития всех видов сообщения России, включая морские и сухопутные. Шельмовать такого заслуженного деятеля было затруднительно, и личная честность прокурора Кони в данном случае столкнулась с оппозицией всего железнодорожного и морского сообщества. Александру III была хорошо известна тяжелая моральная обстановка вокруг предполагаемого судебного преследования Посьета, и предстоящему обсуждению дела о крушении поезда в Особом совещании Государственного совета был послан недвусмысленный сигнал.
Кони основательно подготовился к докладу на совещании, которое состоялось 6 февраля 1889 года. Кони вспоминал:
«В небольшой комнате Мариинского дворца в 2 часа собрались участники совещания: председатели департаментов, министры внутренних дел, юстиции, императорского двора, управляющий морским министерством, вновь назначенный министр путей сообщения Паукер и государственный секретарь Половцов. Затем почти одновременно пришли великие князья Михаил Николаевич и Владимир Александрович. Когда все уселись у полукруглого стола, я занял место за небольшим столом в центре полукруга и по предложению председателя изложил сжато, но со всеми необходимыми техническими подробностями результаты, раскрытые следствием, заключив перечислением лиц, привлеченных мною, с юридической квалификацией их деяний. Говорить пришлось около часу, все слушали с большим вниманием…».
Мнения по докладу прокурора Кони присутствовавших на совещании вельмож и министерских чинов были большей частью сдержанными, но никак не радикальными. Постановили привлечь к ответственности Посьета и Шернваля (голосовали 7 — «за», 4 — «против»), без определения, каким образом и в каком качестве. Этот вопрос должен был решаться в Департаменте гражданских и духовных дел Государственного совета. Там действительно прошло несколько заседаний по вопросу, каждое из которых плавно спускало дело к отказу от рассмотрения его в суде. В конечном итоге решено было ограничиться административными мерами — Посьет и Шернваль получили по выговору без занесения в личный формуляр.
Такое решение явилось полной неожиданностью для честного прокурора Кони: «Таким образом, гора, обещавшая родить Верховный Суд, родила даже не мышь, а мышонка. Этот результат был поистине возмутителен!» Даже возмущаясь, юрист Кони продолжал оставаться беллетристом. Эти строки он написал в 1923 году, находясь на советской службе, так и не осознав за тридцать с лишним лет, какую незавидную роль потерявшего зрение и обоняние следователя сыграл в пьесе, поставленной совсем на другую тему. Окончательно вопрос наказания виновных в крушении поезда был закрыт в апреле 1889 года, когда по желанию императора совещание особого присутствия «с благоговением перед великодушным намерением монарха проявить свое милосердие» прекратило все возбужденные по делу преследования.
Лично для Кони Александр III посчитал необходимым «подсластить пилюлю», и тогда же, в апреле, грудь прокурора украсила звезда ордена Святого Станислава первой степени. Так был оценен многотомный труд следственной группы — «Крушение поезда чрезвычайной важности».