Самым неприглядным во всем деле крушения царского поезда было все же поведение самого императора. Неожиданная развязка последовала в полугодовой день после катастрофы, когда все пережившие ее были собраны в Гатчинском дворце на торжественный молебен и панихиду по убитым. Профессор международного права М. А. Таубе оставил обширные воспоминания, где, в частности, рассказал о своем отце — инспекторе железных дорог А. Ф. Таубе, присутствовавшем на мероприятии в Гатчинском дворце в апреле 1889 года и удостоенном беседы с императором:
«Государь лично сказал адмиралу Посьету и моему отцу, что он теперь знает об их невиновности, тем не менее никто в своих должностях восстановлен не был, истина о Боркской катастрофе объявлена во всеобщее сведение не была, и обещание, данное государем затем адмиралу Посьету, дабы снять с инженерного ведомства огульное против него обвинение, исполнено Александром III не было» [39].
Так оно и было: никого в должности не восстановили, и ничего во всеуслышание не объявили. Что было объявлять, если очевидный террористический акт против царского семейства был спланирован и приведен в исполнение, не оставив никаких следов заказчика и исполнителя? На этот раз не стали тратиться на создание еще одной «Народной воли», а сделали все тихо, без политических деклараций.
Сомнения в объективности расследования Кони появились сразу, еще на стадии следственных действий. Они высказывались не только в кругу специалистов железнодорожного дела, но и в осведомленных придворных кругах, куда просочились сведения об имевшем место параллельном следствии, проводившемся секретно под контролем начальника личной охраны императора генерал-адъютанта П. А. Черевина. В то время когда «судебный соловей» А. Ф. Кони вовсю старался подпереть официальную версию крушения силами подчиненной Черевину службы, которую возглавлял полковник Ширинкин, было проведено оперативное дознание.
В поезде чрезвычайной важности Ширинкин исполнял обязанности коменданта, ведая вопросами контроля за всеми пассажирами и действиями охраны поезда на стоянках. Только ему был известен персональный состав пассажиров каждого вагона. Кроме того, у каждого пассажира поезда имелся именной железнодорожный билет с фотографией, что позволяло охране отслеживать перемещения пассажиров внутри поезда. Особому контролю подлежали лица Гофмаршальской части Министерства императорского двора: лакеи, официанты, повара и т. д. Ширинкин начал действовать немедленно после крушения. Весь персонал кухонной обслуги насчитывал 11 человек: старший повар, 5 поваров 1-го и 2-го разрядов и 5 поваренных учеников, по одному на каждого повара. Для понимания специфики кухонной работы надо помнить, что каждый повар трудился над определенным видом блюд (салаты и закуски, супы, горячие блюда из рыбы и мяса, десерты), которые являлись его профессиональной специализацией. Быстрота и эффективность работы повара в условиях поезда требовали наличия помощника для подсобных, заготовительных работ. В царском вагоне-кухне каждому повару полагался поваренный ученик, именно в качестве помощника. При проверке наличия поварского состава кухни Ширинкин обнаружил пропажу одного поваренного ученика. Четверо поваренных учеников: Степан Макешин, Семен Леонов, Алексей Николаев и Михаил Козлов — были ранены, а один, имя которого не называется в списке, исчез. Разумеется, Ширинкин выяснил, при каких обстоятельствах и в какой момент исчез поваренный ученик. Все его беседы с работниками кухни велись без протокола, но с предупреждением каждого о «неразглашении». Впрочем, кухонные работники дорожили своим местом и не имели повода к болтовне, но человеческий фактор неизбежно сработал. Кроме того, кухонные работники поделились с Ширинкиным своими ощущениями от момента крушения — однозначно определив его как взрыв (хлопок, удар и т. д.). В результате сложилась реальная картина происшествия — подготовленная одним человеком диверсия, с помощью взрывного устройства, с часовым механизмом срабатывания. Взрывное устройство располагалось, скорее всего, где-то в вагоне № 4, рядом с местом, где ночевали работники кухни.
Дальнейшее расследование стало делом техники: были немедленно установлены лица, рекомендовавшие поварского ученика на царскую службу, но здесь след обрывался, оставляя поле только для известной дедукции. Черевин доложил результаты секретного дознания царю раньше доклада Кони.
Слушая доклад прокурора, Александр III уже знал, как и что было на самом деле. Император, убедившись в абсолютной уверенности прокурора в результатах официального расследования, полностью поддержал его выводы, но в дальнейшем спустил все дело на тормозах, заняв удобную позицию милосердного монарха. Зачем императору понадобился столь сложный камуфляж очевидного факта, который невозможно было утаить? Вопрос этот занимал и современников.