Земля в количестве 527 десятин с необходимым лесом была отведена осенью 1875 года, а с весны 1876 уже начались работы под управлением строителя, прибывшего с Афона иеромонаха Иерона, нынешнего настоятеля монастыря. Работы подвигались с такой быстротой, что 17 октября того же года освятили главный монастырский храм во имя Пресвятой Богородицы (Покровский). Одновременно братия выстроила помещения для жилья, необходимые службы и хозяйственные постройки, и приступила к заготовлению материала для возобновления древнего полуразрушенного храма, выстроенного в VI веке над могилой скончавшегося здесь по преданию апостола Симона Кананита.
Тотчас же вслед за освящением храма была открыта школа для абхазских детей. Но ей на этот раз почти не пришлось работать. Через месяц по открытии, в ноябре 1876 года, было предложено местным начальством школу закрыть и учеников распустить по домам, а затем, ввиду опасностей войны, было предложено и братии удалиться из монастыря в более безопасное место.
Все движимое имущество и церковная утварь монастыря были вывезены, братия перешла в грузинский Гелатский монастырь, а на Новом Афоне остались иеромонах Иерон с монахом и двумя послушниками. Они стерегли монастырь и служили обедни до 8 апреля 1877 года. Затем война была объявлена, русский отряд, занимавший Сухум, было решено вывести в Цебельдинское укрепление, город и монастырь оставались совершенно беззащитными. 28 апреля подошли два турецких броненосца и сделали высадку. 1 мая последовала бомбардировка Сухума и разграбление его турками и абхазцами. Тогда же до основания был разграблен и сожжен и Ново-Афонский монастырь.
Во время войны братия, подготовившись заблаговременно, почти вся служила санитарами в военных госпиталях, а по заключении мира немедленно принялась за возобновление обители. 1 октября 1878 года приступили к работам, 3 февраля 1879 года уже освящали отстроенный главный престол Покровского храма.
С этих пор начинается мирное процветание обители и широкая культурная и просветительная деятельность. Прежде всего были выстроены при помощи пожертвований и отчасти субсидий со старого Афона: корпус для братии, большой дом для училища, трапезная, просфорная, странноприимный дом. Восстановлен древний храм во имя апостола Симона-Кананита, возле него в глубоком скалистом ущелье поставлена каменная плотина и мельница. Устроен пчельник, скотный двор, проложены дороги, расчищены леса и дикие заросли, и повсюду основаны сады и плантации. Работа представляла неимоверные трудности; особенно тяжело было выкорчевывать буковые, дубовые и грабовые деревья. Затем упорную борьбу приходилось вести с цепкими и колючими кустарниками и гигантскими папоротниками, в несколько дней разрастающимися здесь на свежевзрыхленной земле до огромной величины. Прежде чем начать вскопку земли, необходимо вырубить особыми топорами на длинных рукоятках и сжечь весь этот сор. Затем, обработав землю неглубоко папками, вроде ручной мотыги, можно сеять кукурузу, которая дает здесь на девственных землях баснословные урожаи, и, вместе с тем, притеняя почву и заглушая сорные травы, подготовляет землю к дальнейшей культуре.
Сейчас же по возобновлении обители была возобновлена и школа, рассчитанная на 20 человек абхазских детей, преимущественно сирот. Цель школы — подготовить местных мальчиков к учительскому или священническому званию. Обыкновенно дети поступают, даже не зная ни слова по-русски. Курс школы соответствует в первых двух классах сельской начальной школе, затем двухклассной министерской. Выйдя оттуда, мальчик является уже достаточно подготовленным для учительской или духовной семинарии.
Во всю дорогу мы обгоняли толпы богомольцев, преимущественно женщин. Трудно даже понять, откуда набирается столько их при редкости здешнего русского населения. Правда, что в толпе можно было заметить и мужчин из коренных местных жителей. В монастыре мы нашли их еще больше. Как говорили, движение населения в монастырь постоянное и непрерывное. Кроме духовных целей, местные жители привыкли ходить в Новый Афон на заработки. Монастырь, по-видимому, поставил за правило никому в работе не отказывать, и если готовой работы нет, то постоянно придумывать новую. Иногда по зимам в монастыре кормятся и получают небольшую поденщину до 2000 человек ежедневно. Легко себе представить, что сделано при помощи стольких дешевых рук и какое культурное воспитание дают населению не только самые работы на плантациях, но даже один их осмотр. Я уже не говорю о специально нравственном воздействии обители. Богомольцы живут здесь по неделям, присутствуют при долгих и благочинных по старому афонскому уставу богослужениях, говеют, слышат сердечные и доступные поучения, получают различные духовно-нравственные издания для чтения. И таков характер русского народа: самая хозяйственная культура, являющаяся не целью, но служебным элементом другим высшим целям духа, производит на простолюдина гораздо более могущественное действие, чем та же культура, так сказать, лаицизованная.