После смерти Уайны Капака его сын Уаскар был коронован как император в Куско, в 1000 милях к югу от Кито. Другой его сын, Атауальпа, остался в Кито, который Уайна Капак превратил во вспомогательную столицу в ходе своих военных походов на территорию современного Эквадора. Атауальпа и Уаскар приходились друг другу единокровными братьями — у них были только разные матери. На момент смерти их отца оба они находились на середине третьего десятка лет. Надо заметить, что у них были совершенно различные типы характера и жизненных увлечений. Атауальпа родился в Куско, прожил много лет на севере со своим отцом, проявлял живой интерес к военному искусству и был известен своей крайней суровостью к тем, кто в чем-либо перечил ему. Уаскар же родился в деревушке недалеко от Куско, он не проявлял особого интереса к военному делу, чрезмерно много пил, имел обыкновение спать с замужними женщинами и, по некоторым сведениям, убивал их мужей, если те выражали свое недовольство.[23]
Если Атауальпа был серьезным человеком, то Уаскар был повесой. Но каждый из них серьезно относился к своим титулам и привилегиям, и если последним грозила хоть малейшая опасность, то братья становились безжалостными.Хотя у Атауальпы и Уаскара был один отец, они принадлежали к разным аристократическим родам, или панакам. Атауальпа через свою мать принадлежал к роду Атун айлью, тогда как Уаскар относился к роду Капак айлью. Оба эти рода соперничали между собой, вели борьбу за верховенство на протяжении нескольких поколений. И поскольку высвечивавшийся вопрос о престолонаследии зачастую давал начало открытой политической войне, то такие моменты, как отсутствие Атауальпы на похоронах отца в Куско и на последовавшей вслед за тем церемонии коронации Уаскара, заставили последнего проявлять подозрительность. Паранойя Уаскара, которая, вне всякого сомнения, имела своим источником инкскую историю, изобиловавшую рассказами о жестоких дворцовых переворотах, настолько обострилась, что он, по некоторым сведениям, даже убил нескольких своих родственников, сопровождавших тело его отца в Куско, подозревая их в подготовке переворота.
Подозрения, зародившиеся у Уаскара, полностью завладели им. Только что коронованный император в итоге решил начать военный поход, с тем чтобы раз и навсегда разрешить вопрос о престолонаследии. Однако это решение было не слишком взвешенным и поставило Уаскара в невыгодное положение. Ввиду того что отец Уаскара, Уайна Капак, осуществлял масштабные военные кампании на севере, ныне брат Уаскара, Атауальпа, имел под своим командованием самые закаленные войска империи. Этими войсками руководили самые блестящие полководцы империи, которые присягнули на верность Атауальпе. Уаскар же оказался вынужден сколачивать войско из новобранцев, не имевших никакого опыта военной службы. Тем не менее Уаскар, не медля, пошел в наступление, направив свою армию на север, на территорию современного Эквадора; командовал походом военачальник Аток («Лис»).
Две инкские армии сошлись на равнине Мочакакса, к югу от Кито. Там армия северян одержала первую победу в этой гражданской войне. Но, несмотря на этот успех, Атауальпа не был склонен демонстрировать мягкость. Схваченного полководца Атока сначала пытали, а затем казнили с использованием дротиков и стрел. Атауальпа распорядился сделать из черепа Атока позолоченную чашу, которую, как это зафиксировали испанцы, Атауальпа продолжал использовать и четыре года спустя.
Теперь, когда военный перевес был на стороне Атауальпы, его полководцы начали постепенно оттеснять силы Уаскара все дальше и дальше на юг. После длинной череды побед, одержанных армией Атауальпы, в окрестностях Куско состоялся решающий бой, в ходе которого инкский император был захвачен в плен. Вот как это описывает испанский летописец Хуан де Бетансос:
«Уаскар был тяжело ранен, его одежда была изорвана в клочья. Поскольку раны были не смертельными, [полководец северян] Чалкучима не позволил их обрабатывать. Когда рассвело, войско Чалкучимы принялось делить добытые трофеи. У Уаскара забрали его тунику. А ему дали одежду одного из его солдат, погибших на поле сражения. Туника Уаскара, его золотые алебарда и шлем, щит, украшенный золотом, его перья с головного убора и знаки отличия были отосланы Атауальпе. Уаскар присутствовал при этом. [Военачальники] Чалкучима и Кискис хотели, чтобы Атауальпа имел почетную возможность попрать ногами эти вражеские трофеи».