Директор департамента полиции Степан Петрович Белецкий не жалел сил и средств для обоснования обвинения. По указанию Замысловского за огромные деньги полицией были выписаны из Италии старинные книги, содержащие доказательства ритуального употребления евреями крови. Из государственных архивов были извлечены все дела, в которых имелись какие-либо указания на ритуальные убийства. Для обвинения на суд министром юстиции был командирован товарищ прокурора Петербургской судебной палаты О. Ю. Виппер. В помощь ему, в качестве гражданского истца, в Киев выехал сам Замысловский.
Всего по делу было вызвано двести девятнадцать свидетелей и четырнадцать экспертов, среди которых выделялись магистр богословия ксендз Юстин Пранайтис, профессор И. А. Сикорский, доктор медицины профессор Д. П. Косоротов, известный юдофоб присяжный поверенный А. С. Шмаков, подтверждавшие ритуальный характер убийства. Неугодные обвинению свидетели бесцеремонно отстранялись. Петербургским комитетом отпора кровавому навету была организована защита Бейлиса, в которой приняли участие лучшие адвокаты того времени: О. О. Грузенберг, А. С. Зарудный, Н. П. Карабчевский, член Государственной Думы кадет В. А. Маклаков.
Не только Россия, но и Запад напряженно следили за ходом этого грандиозного процесса, на котором медицинские светила и доктора истории вели диспут со взломщиками и притонодержателями — главными свидетелями со стороны обвинения.
Но спасти честь русского имени перед лицом всего мира, спасти невинно пострадавшего должны были двенадцать человек присяжных заседателей, состав которых также был соответствующим образом подобран. По этому поводу в Киеве было много толков и пересудов. Когда по мелкому уголовному делу суд имел в своем распоряжении среди присяжных трех профессоров, десять людей интеллигентных и только двух крестьян, в деле Бейлиса из двенадцати человек девять учились лишь в сельской школе, а некоторые из этих крестьян были вообще малограмотными.
Пониженный интеллектуальный уровень присяжных заседателей для такого сложного дела всем бросался в глаза. Но на это именно и рассчитывали организаторы процесса. Они были уверены в своей победе.
Наконец решительный день настал. Вот как описывает В. Г. Короленко эту атмосферу ожидания и напряженности, царившую в этот день в Киеве:
«Мимо суда прекращено всякое движение. Не пропускаются даже вагоны трамвая. На улицах — наряды конной и пешей полиции. На четыре часа в Софийском соборе назначена с участием архиерея панихида по убиенном младенце Андрюше Ющинском. В перспективе улицы, на которой находится суд, густо чернеет пятно народа у стен Софийского собора. Кое-где над толпой вспыхивают факелы. Сумерки спускаются среди тягостного волнения.
Становится известно, что председательское резюме резко и определенно обвинительное. После протеста защиты председатель решает дополнить свое резюме, но Замысловский возражает, и председатель отказывается. Присяжные ушли под впечатлением односторонней речи. Настроение в суде еще более напрягается, передаваясь и городу.
Около шести часов стремительно выбегают репортеры. Разносится молнией известие, что Бейлис оправдан. Внезапно физиономия улицы меняется. Виднеются многочисленные кучки народа, поздравляющие друг друга. Русские и евреи сливаются в общей радости. Погромное пятно у собора теряет свое мрачное значение. Кошмары тускнеют. Исключительность состава присяжных еще подчеркивает значение оправдания».
Радость и ликование охватили редакцию «Киевлянина», немало перестрадавшую вместе со многими своими единомышленниками за это время. 29 октября 1913 года я писал в № 298:
«Несмотря на то, что было сделано возможное и невозможное, несмотря на то, что были пущены в ход самые лукавые искушения, — простые русские люди нашли прямую дорогу.
Когда мы думаем об этом, нам становится и радостно, и горько. Горько потому, что мы ясно видели, как те, кто стоят на вершине и должны были подавать пример этим темным низам, сбились с пути и пошли кривой дорогой, ослепленные политической страстью. Горько видеть вождей народных в роли искусителей и развратителей.
Но когда мы думаем о том, что простые русские люди, не имея возможности силой ума и знания разобраться в той страшной гуще, в которую их завели, одной только чистотою сердца нашли верный путь из обступавшего их со всех сторон дремучего леса, наполненного страшными призраками и видениями, — с радостью и гордостью бьется наше сердце.
Низкий поклон этим киевским хохлам, чьи безвестные имена опять потонут в океане народа! Им, бедным, темным людям, пришлось своими неумелыми, но верными добру и правде руками исправлять злое дело тех, для кого суд только орудие, для кого нет доброго и злого, а есть только выгода или невыгода политическая.
Им, этим серым гражданам Киевской земли, пришлось перед лицом всего мира спасать чистоту русского суда и честь русского имени. Спасибо им, спасибо земле, их выкормившей, спасибо старому Киеву, с высот которого свет опять засверкал на всей Русской земле!»