Коренные преобразования в Морском корпусе вскоре возглавил выдающийся моряк своего времени Воин Андреевич Римский–Корсаков, назначенный в 1861 г. «исправляющим должность»[10] директора этого учебного заведения. Вместо строевой муштры и казарменного «порядка», основавшего на строгих, в том числе и телесных, наказаниях, новый директор внедрял в практику методы воспитания кадетов, основанные на доверии, уважении личности, сознательном изучении морского дела. При Римском–Корсакове в курс обучения были введены многие новые предметы, вызванные к жизни бурным развитием техники, а в 1867 г. Морской кадетский корпус был преобразован в Морское училище — высшее учебное заведение с четырехлетним сроком обучения.
Новые правила приема в корпусе были установлены еще в январе 1864 г., они предусматривали пробное плавание и довольно сложные конкурсные экзамены в объеме пяти классов гимназического курса Набор тогда был установлен в количестве 50 человек, возраст поступающих от 14 до 17 лет. Право поступления принадлежало детям потомственных дворян, штаб и обер–офицеров, гражданских чиновников и потомственных почетных граждан[11]. Эти правила и дали возможность поступить в Морской кадетский корпус Зиновию Рожественскому.
Интересно, что при этом самостоятельный юноша отказался от пробного плавания и, успешно сдав экзамены, 14 сентября 1864 г. был зачислен кадетом младшей роты.
В корпусе Зиновий Рожественский считался одним из лучших учеников. Помимо обязательного английского, он по собственной инициативе изучал французский язык, которым впоследствии прекрасно владел. Первое плавание — в июне— августе 1865 г. — он совершил в Финском заливе на винтовом фрегате «Громовой» под флагом самого директора — контрадмирала В.А. Римского–Корсакова, который командовал учебным отрядом судов Морского кадетского корпуса. У директора было чему поучиться в море, и в первую очередь — оправданному риску, основанному на искусстве управления кораблем и точном расчете. К удивлению финских лоцманов, сравнительно крупный «Громобой» (водоизмещение 3200 т, осадка 6,7 м) уверенно ходил по извилистым фарватерам, считавшимся доступными только для малых судов с осадкой не более 6 м.
Кроме этого, знакомство с фрегатской организацией, характерной традиционной слаженностью действий многочисленного экипажа, позволяло в полном объеме представить себе требования флотской службы, определенные Морским уставом 1853 г. При этом В. А. Римский–Корсаков отличался редким умением заинтересовать кадетов морским делом и возбудить у них дух соревнования, столь необходимый для достижения полного успеха.
Благотворное влияние личности директора корпуса сказывалось и на других судах отряда, в том числе на винтовом корвете «Баян» и канонерской лодке «Прибой». На двух последних Зиновий Рожественский практиковался соответственно в летних кампаниях 1866 и 1867 гг. Ко времени окончания училища старший воспитанник Рожественский имел за плечами 227 суток плавания[12], был хорошо знаком с непростыми условиями кораблевождения в финляндских шхерах, с балтийскими портами и рейдами.
После сдачи выпускных экзаменов 17 апреля 1868 г. З. П. Рожественский в числе прочих 44 человек был произведен в гардемарины. Он окончил училище в числе лучших — пятым по списку. Старшинство в выпуске, которое прямо влияло на последующее производство в офицерские чины, а следовательно, и на служебную карьеру, определялось суммой баллов, полученных с учетом учебы и дисциплины. От первого по списку — Михаила Онацевича — Зиновия Рожественского отделяло 18 баллов, от последнего — 80,5.
Традиции и сам образ жизни Морского училища, закрытого учебного заведения, тогда (а впрочем, и сейчас) определяли особые товарищеские отношения между одноклассниками, совместно разделявшими радости, неудачи и опасности службы в юности. Одноклассники сохраняли эти отношения на всю жизнь и, как правило, обращались друг к другу «на ты», несмотря на неизбежную с годами разницу в чинах. Среди одноклассников З. П. Рожественского были незаурядные личности, а судьба распорядилась так, что выпускники 1868 г. лейтенантами попали на войну с Турцией, а в начале XX в, во время войны с Японией, уже в адмиральских и генеральских чинах, занимали видные посты на флоте. Именно им было суждено командовать силами российского флота в двух крупнейших сражениях с японцами. Рожественскому — при Цусиме, а контр–адмиралу Вильгельму Карловичу Виттефту (третий по списку) — в сражении в Желтом море, где он погиб на мостике своего флагманского броненосца.