Императорский совет официально собрался 14 октября, чтобы еще раз рассмотреть вопрос о взаимоотношениях с Кореей. 12 октября Окубо был возвращен в императорский совет, но ему все еще не хватало голосов, чтобы отстоять свою программу, и 15 октября совет подтвердил назначение Сайго в качестве посланника. Окубо и Ивакура не хотели сдаваться, и они пригрозили уйти в отставку, если кабинет не отложит отправку миссии. Эта угроза — была нацелена в основном на Сандзё, который чувствовал, что он не сможет руководить работой правительства без Окубо. Однако Сайго предупредил Сандзё о том, что задержка посольства уронит авторитет императора, и зловеще добавил, что такое преступление можно искупить только смертью. Находясь, с одной стороны, под давлением Сайго, требовавшего доложить о решении совета императору, а с другой — настаивавших на отсрочке Окубо и Ивакура, 18 октября Сандзё сломался, став жертвой нервного расстройства или сердечного-приступа. В его отсутствие Ивакура стал премьер-министром (
Отставка Сайго расколола правительство по заранее предсказуемым линиям, и 24 октября Соэдзима, Это, Итагаки и Гото Сёдзиро тоже покинули свои посты. Эти отставки стали отражением как их солидарности с Сайго, так и глубокого антагонизма, развившегося за предшествующие месяцы. Окубо надеялся на отставку Это, но волнения теперь распространились и на императорскую гвардию, где офицеры из Сацума открыто высказывали недовольство тем, как правительство обошлось с Сайго. 28 октября правительство выступило е императорской декларацией, предписывающей всем военным оставаться на своих постах, но это воззвание имело ограниченное воздействие. На протяжении недели в отставку подали пятьдесят шесть высокопоставленных военных, среди которых были генералы императорской гвардии Синохара Кунимото и Кирино Тосиаки. Чтобы не демонстрировать публично недостаток контроля над гвардией, правительство преуменьшило значение этих отставок, отправив офицеров в запас. Если бы Сайго планировал нанести удар, то момент для этого был самым подходящим. Кидо отметил в своем дневнике, что, «хотя многие пытались успокоить ситуацию, беспорядки могли начаться в любой момент» и если бы волнения получили широкое распространение, то «работа многих лет оказалась бы напрасной». Даже лаконичный Окубо признался в том, что его беспокоили «сильные волнения в императорской гвардии». Но Сайго не призвал своих людей к восстанию. Три дня он тихо размышлял, избегая своих любимых мест. Затем 28 октября он отплыл из Йокохама в Кагосима и никогда больше не возвращался.