Движимые страстным чувством собственной правоты и совершенно не желая замечать реальные факты, радикалы сонно дзёи
вызвали хаос и волнения в японской политике. В Мито это привело к вооруженным выступлениям, известным как восстание Тэнгу. 3/1864 толпа из недовольных самураев, синтоистских священников и простолюдинов поднялась на гору Цукубо в Мито и объявила о своем намерении совершить паломничество в Никко, где находится мавзолей Токугава Иэясу, основателя сёгуната. Они собирались почтить память дайме Мито Токугава Нариаки, который умер в I860 году, заявить о своей преданности Иэясу и императорскому дому, а затем направиться в Йокохама, чтобы изгнать из города варваров и закрыть порт. Поначалу сегунату удалось остановить кризис, но к 7/1864 мятежники завербовали сотни последователей, и конфликт вскоре перерос в гражданскую войну, захлест-нувпгую княжество Мито.Для сёгуната восстание Тэнгу стало кризисом сразу на нескольких фронтах. Войска сёгуната были плохо обучены и слабо мотивированы, поэтому, несмотря на большое превосходство в живой силе и вооружении, их неоднократно обращали в бегство маленькие отряды бунтовщиков. Начало открытых военных столкновений продемонстрировало крайнюю хрупкость существующего политического порядка. А успех мятежников в вербовке сторонников среди самураев и простолюдинов подчеркнул жизненность дела сонно дзёи.
На протяжении месяцев войска сёгуната преследовали повстанцев по всей Японии, прежде чем 12/1864 они, наконец, вынудили их сдаться.Кроме угрозы восстания Тэнгу, сёгунат также столкнулся с терроризмом маленьких групп радикальных лоялистов. К 1864 году никто не мог чувствовать себя полностью защищенным от ярости террористов. Иностранцы были самой очевидной мишенью, и лоялисты атаковали как офицеров, так и невооруженных гражданских лиц. Радикалы сонно дзёи
также обратили свой гнев против тех японцев, которых они считали недостаточно лояльными. Особое раздражение у них вызывал Мацудайра Сунгаку, даймё Фукуи. Они считали его коллаборационистом и несколько раз планировали похитить и убить его. Радикалам так и не удалось добраться до Сунгаку, но они сумели поджечь его резиденцию в Киото. Даже императорский двор не был полностью застрахован от атак террористов, поскольку — несмотря на их преклонение перед императором — лоялисты все чаще проявляли готовность атаковать императорских придворных. Например, 1/1863 Сандзё Санэай, высокопоставленный придворный вельможа, обнаружил в своем особняке в Киото отрезанные уши Икэути Дайгаку. Чтобы Сандзё правильно понял значение отрезанных ушей, убийцы приложили к ним записку, где объяснялось, что Икэути, ученый-конфуцианец, когда-то преданно служил императору, но затем стал союзником сёгуната, и поэтому он является гнусным предателем. В записке советовалось Сандзё пересмотреть свою позицию. Ивакура Томоми, старший придворный, а затем лидер государства Мэйдзи, столкнулся с похожим предостережением: он обнаружил в своей резиденции отрубленную руку.Все эти столкновения происходили на фоне обострения соперничества между двумя самыми могущественными японскими княжествами — Сацума и Тёсю. Как и Сацума, Тёсю противостояло Токугава в 1600 году, и княжество давно имело зуб против сёгуната. Однако в отличие от Сацума княжеству недоставало сильных лидеров среди даймё. В 1860-х Тёсю, по сути, управляли две враждующие фракции — консерваторы и радикальные лоялисты. К концу 1862 года радикалы сонно дзёи
захватили контроль над княжеством и начали проводить агрессивную внешнюю политику. Эти лоялисты не одобряли прагматизм Хисамицу, в котором они видели оппортунистическую защиту сёгуната. Их пылкое принятие верноподданнических идей взбудоражило наиболее радикально настроенных членов императорского двора, и к началу 1863 года самые влиятельные придворные были сторонниками Тёсю, которые призывали двор занять по отношению к иностранцам более нетерпимую и несостоятельную позицию. 14/2/1863 двор приказал в течение двух месяцев изгнать из Японии всех иностранцев. Это было абсолютно непрактичное и неразумное требование, но более спокойные голоса заглушила разрушительная комбинация из насилия террористов и величия императора. Даже сёгунат, который подписал договоры, гарантирующие безопасность всем проживающим в Японии иностранцам, отказался от своей ответственности за них и согласился на высылку.