Утром 19/7/1864 войска Тёсю начали перемещаться от окраин Киото по направлению к императорскому дворцу. Дворец охраняли войска из многих княжеств, включая Хитоцубаси, Мито и Кии, где правили даймё из рода Токугава, но главные укрепления были заняты людьми из Айдзу и Сацума. Сайго и его войска ожидали наступления у ворот Инуи, расположенных в северо-западном углу территории дворца. Они встретили силы Тёсю, приближающиеся по проспекту Карасума — широкой дороге, протянувшейся в направлении с севера На юг вдоль западной границы территории дворца. Они обменялись залпами пушечного огня. Сайго, его младший брат Кохэй и близкий друг Сайго, Сайсё Ацуси, были ранены в этой перестрелке. Затем Сайго вызвал подкрепление и вынудил Тёсю отступить. В юго-западном углу дворцовой территории силы Тёсю быстро сломили сопротивление защитников из Айдзу и, прорвались внутрь через ворота Хамагури, но прежде чем захватчики сумели получить доступ к самому дворцу, прибыли подкрепления из Айдзу и Сацума. Силы Тёсю были разбиты, и им пришлось отступить. Битва продолжалась всего два-три часа, и в ней участвовало лишь несколько тысяч человек, но она привела к серьезным повреждениям. В результате артиллерийской перестрелки в центре Киото было разрушено несколько тысяч домов, многие из которых принадлежали придворным аристократам. Контратака Тёсю закончилась полным провалом: войска княжества были обращены в бегство, и сам императорский двор выразил свое возмущение беззаконием Тёсю.
Это сражение, известное на Западе как инцидент у Запретных ворот, развеяло все сомнения Сайго относительно Тёсю. Княжество, по мнению Сайго, было неисправимым злодеем. В письме Окубо от 20/7/1864, написанном на следующий день после битвы, Сайго рассказывает о том, как войска Тёсю наводили свои пушки на императорский дворец и, таким образом, совершили высшую измену. Теперь их должна постичь «кара небес». Через четыре дня после битвы, 23/7/1864, императорский двор приказал сёгунату наказать Тёсю, и 24/7 сёгунат отдал распоряжение двадцати одному княжеству начать мобилизацию войск. Это был ясный сигнал, в котором нуждался Сайго, и он сразу же стал горячим сторонником карательной экспедиции. 28/7 Сайго вместе с Комацу Татэваки, старейшиной княжества Сацума, написал письмо, в котором они просили княжество ФУ' jcyH поддержать экспедицию. Тёсю, утверждали они, замышляло похитить императора под прикрытием хаоса битвы. В свете этого преступления «все верноподданные императора» горят желанием наказать Тёсю. Или Фукуи не хочет, спрашивали они на вежливом, но язвительном японском, поддержать авторитет императорского двора? Презрение Сайго к Тёсю стало почти неизлечимым. Всего лишь несколько месяцев назад он чувствовал внутренний дискомфорт при мысли о том, чтобы атаковать Тёсю в то время, когда княжество стоит перед лицом угрозы со стороны Запада. Но когда 5/1864 западные силы начали свою атаку, Сайго остался равнодушным. Союз четырех наций (Британия, Соёди-ненные Штаты, Голландия и Франция) обстрелял Симо-носэки, разрушил береговые укрепления и вынудил Тёсю сдаться, а Сайго при этом сожалел только о том, что Сацума не нанесло удар раньше иноземцев.
Если бы сёгунат действовал быстро, не затягивая атаку Тёсю, то Сайго,! несомненно, выступил бы за самые жесткие санкции против княжества. Это изменило бы дальнейший ход японской истории, поскольку именно союз между Тёсю и Сацума в конечном итоге опрокинул сёгунат. Но сёгунат был отвлечен другими заботами. Восстание Тэнгу поглотило военные ресурсы сёгуната, и он отчаянно нуждался в получении императорской Поддержки для подписания навязанных Западом торговых договоров. Желая удовлетворить императорский двор, сёгунат согласился возглавить экспедицию, Но у него возникли проблемы с поиском подходящего Командующего. Короче говоря, вопрос о наказании *Гёсю завяз во внутренних проблемах сёгуната. 7/8/1864 сёгунат, наконец, назначил Токутава Ёсикацу, даймё Овари, командующим экспедицией, но он все еще немог собрать достаточного количества войск. Только 1/11 /1864 Ёсикацу покинул Осака и направился к месту боевых действий в Хиросиме.