Сёгунат превратил себя в удобную мишень. Между осенью 1864 и летом 1866 года режим представлял собой вихрь самоубийственной ярости. Раздираемый серьезными внутренними противоречиями, сёгунат одновременно вел себя воинственно и примирительно, агрессивно и нерешительно. К концу 1868 года люди из Сацума и Тёсю смотрели на сёгунат со смесью гнева и отвращения. Собственная враждебность Сайго была усилена той жестокостью, с которой сёгунат обошелся с участниками восстания Тэнгу. После вынужденной капитуляции мятежников 12/1864 сёгунат казнил сотни пеших солдат. Сёгунат также попросил княжество Сацума взять под стражу тридцать пять самураей низкого ранга и отправить в ссылку на острова Амами. Сайго был возмущен. Согласно давно устоявшейся японской традиции, писал он, командиров побежденных армий после капитуляции ожидает смерть, но простых солдат нужно прощать. Действия сёгуната были беспрецедентными по своей жестокости, настаивал он, и со стороны Сацума будет аморально принять пленников. Окубо, как и Сайго, был потрясен действиями сёгуната, и в своем дневнике он записал, что жестокость режима является предвестником его скорого крушения. Но гнев Сайго имел и личную окраску, поскольку он сам страдал в ссылке на Амамиосима. Кроме того, в ходе карательной экспедиции в Тёсю Сайго, в знак искренности своих намерений, простил пленных солдат из этого княжества, Хотя и потребовал казни их командиров. Именно так Должен вести себя благородный человек. Почему, удивлялся Сайго, сам сёгунат не понимает таких простых принципов самурайской чести?
Наихудшие подозрения Сайго были усилены все более враждебной политикой сёгуната в отношении Тёсю. Токугава Ёсикацу завершил первую экспедицию в Тёсю без прямого одобрения из Эдо, и сёгунат теперь пытался навязать княжеству более жесткие условия как часть финального соглашения. Умеренно настроенные члены верховного совета сёгуната
Однако Тёсю не было заинтересовано в том, чтобы делать новые уступки. За зиму 1864/65 года силы повстанцев провели серию успешных выступлений, и к весне 1865-го княжество снова оказалось в руках сторонников императора. Гражданская война устранила консерваторов-традиционалистов из политики Тёсю. Люди, которые высказывались за осторожность в государственных делах, были мертвы или навсегда дискредитированы. Лидеры нового правительства Тёсю не могли отказаться от капитуляции своего княжества в 1864 году, но они наотрез отказались идти на новые уступки. Они отказали сёгунату даже в самых простых жестах, которые позволили бы ему сберечь лицо, таких, как официальное раскаяние, способное оправдать мягкость сёгуната.
Сайго наблюдал за этими событиями со смесью удовольствия и ужаса. Сёгунатом, заметил он, управляет «банда дураков», оторванных от реальности. Они требуют от Тёсю уступок под угрозой войны, хотя всем хорошо известно, что сёгунат сейчас не готов к тому, чтобы вести боевые действия. «Это очень странный ход событий, — писал он Окубо 13/8/1865, — поскольку даже если они проиграют переговоры с самого начала, то все равно не смогут начать войну». Наблюдая за странным подходом сёгуната к Тёсю, Сайго начал подозревать, что режим разрушает сам себя. Например, 28/8/1865 Сайго предсказал, что режим рухнет от внутренних разногласий. Сёгун планировал посетить княжество, но изменил свои намерения из-за слухов о готовящемся на него покушении. Из этого Сайго заключил, что заговорщиками были вассалы сёгуна, планирующие убийство собственного господина. Он также утверждал, что вассалы сёгуна стоят за подозрительным пожаром в замке Эдо. Но даже ожидая крушения сёгуната, Сайго продолжал беспокоиться о том, что режим еще способен причинить серьезные неприятности, особенно изолировав Тёсю. Сайго не рассматривал Тёсю как союзника, но в то же время он не хотел позволить сёгунату уничтожить это княжество.