Чтобы продемонстрировать свой нейтралитет, некоторые из соседей Тёсю отказались от применения силы, в конце концов сёгунату удалось собрать значительную армию, но она плохо подходила для непопулярной войны против воодушевленного врага. Это предвещало катастрофу, но сёгунат не смог найти другой альтернативы. Казалось, что сёгунат выполняет предсказание Сай-го о своем саморазрушении.
7/6/1866 сёгунат и его союзники вторглись в Тёсю с четырех сторон-, сухопутные силы из княжества Хиросима на востоке, из княжества Цувано на севере, из княжества Кокура на юго-западе, а военно-морские силы со стороны Внутреннего моря на юго-востоке. На юго-восточном фронте сёгунат быстро захватил маленький остров, но это оказалось его главным военным успехом. На остальных трех фронтах сёгунат был быстро отброшен назад. Его войска не рвались в атаку, не прикрывали фланги и не поддерживали наступающие подразделения. Командующий силами сёгуната на восточном фронг'е, испытывавший отвращение ко всему этому предприятию, заключил локальный мир с Тёсю. Это позволило Тёсю использовать освободившиеся войска для развития успеха на северном и юго-западном фронтах. К концу 7/1866 Тёсю захватило значительные княжества Хамада и Цувано на севере, а в начале 8/1866 защитники замка Кокура, расположенного на противоположной стороне пролива Симоносэки, подожгли свой замок, чтобы не сдавать его Тёсю. Это была катастрофа огромных масштабов. Вместо того чтобы наказать Тёсю, сёгунат наказал своих союзников, спровоцировав вторжение Тёсю на их территорию. Сёгунат теперь отчаянно сражался за то, чтобы избежать полного публичного унижения.
На фоне этого разгрома начали распространяться слухи о том, что сёгун мертв. Иэмоти и в самом деле умер в Осака 20/7/1866, но его смерть оказалась внезапной, и сёгунат не успел подготовить наследника. До тех пор, пока вопрос с наследованием не будет решен, режиму требовалось держать факт смерти сёгуна в тайне. Иэмоти было только двадцать, он не имел сыновей, так что самым очевидным кандидатом был его регент, Хитоцубаси Кэйки. Однако Кэйки без энтузиазма отнесся к предложению занять этот пост. Его безразличие было вполне понятным. Сёгунат находился в глубоком упадке, и титул сёгуна был скорее тяжкой ношей, чем благословением. Единственный способ спасти сёгунат состоял в проведении радикальных реформ, но Кэйки, как посторонний, не имел достаточного влияния на административный аппарат сёгуната в Эдо. Многие историки думают, что безразличие Кэйки было притворным. Если бы он согласился сразу, то показался бы амбициозным и еще дальше оттолкнул бы от себя администрацию Эдо. Ну а приняв предложение после многократных просьб, он смог бы в конечном итоге добиться; того влияния, которое ему требовалось для проведения реформ.
Истинные мотивы Кэйки озадачивали его современников и продолжают интриговать историков. Но каким бы ни было его безразличие, искренним или тщательно рассчитанным, оно лишь усилило кризис наследования. Армия режима была обращена в бегство, сёгун умер, а сёгунат даже не мог объявить о смерти Иэмоти, пока не будет решен вопрос с наследованием. 27/7, после просьб ключевых фигур в сёгунате, Кэйки наконец согласился стать главой дома Токугава, но предусмотрительно отказался принять титул сёгуна, заявив, что откажется, даже если получит такое предложение от императора; Как глава дома Токугава, Кэйки принял командование над войсками Токугава и начал подготовку к возобновлению атаки на Тёсю. Это было спорное решение: некоторые ястребы, такие, как Мацудайра Када-мори, все еще верили в то, что Тёсю можно победить, но большинство союзников сёгуната хотели как можно скорее покончить с этим делом. 8/7 чиновники сёгуната в Осака получили новость о победе Тёсю в Кокура; враг теперь контролировал обе стороны пролива Симо-носэки. Это склонило чашу весов в сторону перемирия. 20/8/1866 сёгунат формально признал смерть Иэмоти, передал Кэйки руководство домом Токугава и объявил перемирие в связи с официальным трауром.