Силы сёгуната были не только многочисленными. Среди них были одни из лучших воинских подразделений Японии, например, такие, как обученный французами пехотный полк. Кроме того, многие солдаты сражались на стороне сёгуната с большой отвагой. Батальоны из Айдзу продемонстрировали, насколько опасным может быть в современном бою традиционное оружие самураев. По меньшей мере в двух случаях солдаты Айдзу бросались на стрелков из Сацума и Тёсю с мечами и копьями и обращали их в бегство до того, как они успевали перезарядить свои винтовки. Армия сёгуната обладала превосходством в живой силе и вооружении, но ее эффективность была подорвана бездарным командованием и хронической неорганизованностью. У командования сёгунской армии отсутствовала какая-либо последовательная стратегия, и поскольку войска постоянно оказывались не в том месте и не в то время, они не могли извлечь реального преимущества из своего численного превосходства. Армия сёгуната также страдала от низкого боевого духа и неповиновения. Даже одержав победу, ее войска не наступали, предоставляя время императорской армии на перегруппировку сил. Подкрепления не разворачивались там, где им было приказано, оставляя атакующие подразделения с оголенными флангами. По мере того как запах скорого поражения становился все ощутимее, союзники сёгуната начали страховать свои ставки. Инаба Масукуни, дайме Йодо, был номинальным союзником сёгуната, но он отказался предоставить убежище войскам Токугава в своем замке. Финальный удар был нанесен 6/1, когда в ходе решающего сражения артиллерийское подразделение из княжества Суо сменило сторону и начало обстреливать силы Айдзу вместо наступающих войск императорской армии. Побитая снаружи и опустошенная изнутри, армия сёгуната развалилась.
Вечером 6/1/1868 Кэйки узнал об измене Суо и решил, оставив Осака, направиться на восток. Было неясно, то ли он готовится к капитуляции, то ли пытается перегруппировать свои силы в Эдо и перейти к обороне. Заявления и действия Кэйки были крайне противоречивыми, из-за чего его союзники чувствовали себя деморализованными, враги встревоженными, а историки до сих пор испытывают замешательство. Но исход сражений на линии Фусими — Тоба был однозначным: силы сеіуната отдали западную часть страны союзу дайме юго-западных княжеств. Война была еще далеко не окончена, но инициатива находилась на стороне повстанцев, выступающих от имени императорского двора.
Сайго с головой окунулся в наэлектризованную атмосферу сражения. Как верховный командующий, он не должен был появляться на линии фронта, но не мог устоять перед соблазном.
3/1 он написал Окубо: «Сегодня, получив новость о начавшемся сражении; я не смог усидеть на месте и отправился в Фусими, хотя понимал, что этот опрометчивый поступок может вызвать неудовольствие нашего господина». Тадаёси и в самом деле упрекнул Сайго за его неосторожность, но вечером 5/1 Сайго еще раз украдкой пробрался на фронт, где он сражался рядом со своими родственниками, испытывая гордость за их отвагу. Его двоюродный брат Ояма Ивао, будущий командующий армией и военный министр, получил пулевое ранение в ухо, но продолжил сражаться, не останавливаясь ни на секунду. Младший брат Сайго, Цугумити, получил длинную рану от уха до шеи, но, как с гордостью заявил Сайго, выразил готовность при необходимости вернуться в ряды бойцов. Сайго также был обрадован признаками народной поддержки. Когда войска Сацума прбходили через населенные пункты, простолюдины высыпали на улицы, складывали перед собой ладони, кланялись и распевали: «Спасибо, спасибо, спасибо». Я никогда не осознавал, писал Сайго, как сильно население ненавидит сёгунат. Сайго был достаточно разумным человеком, чтобы понимать, что здесь также действуют факторы, далекие от политики. Простолюдины, заметил он, могли радоваться окончанию боевых действий и сопутствующему падению цены на рис, а не прибытию императорской армии. И все же он был рад видеть, как простолюдины выходят на улицы, встречая его солдат с едой и напитками.
Поражение сёгуната было личным триумфом для Сайго, но в то же время он вызывал у него глубоко противоречивые эмоции. Сайго гордился одержанной им военной победой и мужеством своих людей, но его тревожили чувства сожаления, собственного несовершенства и смертности. Он был глубоко опечален тем, что ему запрещалось принимать личное участие в сражениях, и воспринимал это как признак слабости. В первый день 1868 года Сайго, по традиционному японскому счету, исполнилось сорок, и, судя по всему, это обстоятельство заставило его задуматься о собственном возрасте. Он поделился своими чувствами с Кавагути Сэппо, его товарищем по Окиноэрабусима, который теперь заботился о семье Сайго в Кагосима: