После нескольких недель переговоров 4/4 окончательные условия капитуляции были объявлены в замке Эдо официальным посольством императора, куда входили двое высокопоставленных придворных, представители высшего военного командования (включая и Сайго) и еще около шестидесяти сопровождающих лиц. Кэйки избежал смерти, и ему было позволено удалиться в княжество Мито, несмотря на то что он «обманывал Императорский двор» и совершал преступления, караемые смертной казнью. Позднее он получил полное прощение и тихо умер В 1913 году, пережив почти всех своих врагов. Защитникам Кэйки, несмотря на их «тяжкие преступления», было даровано императорское помилование и позволено удалиться из общественной жизни. Замок Эдо был сдан правителю Овари из побочной ветви дома Токугава. Токугава вменялось в обязанность сдать все военное имущество, но императорское правительство при этом обещало позднее вернуть его «соответствующую часть». Эти условия стали переговорным триумфом для Кацу и явным отступлением от изначального требования Сайго, который настаивал на том, чтобы Кэйки совершил ритуальное самоубийство. Враждебное отношение Сайго к Токугава было развеяно аргументами Кацу, и, кроме того, он был тронут «величайшей покорностью» чиновников Токугава. В письме Окубо, написанном на следующий день, Сайго даже нашел несколько добрых слов для Окубо Итио, чиновника Токугава, который помогал вести переговоры об условиях капитуляции. В то же время Сайго был поражен своей новой властью, и ему казалось забавным, что он может, имея при себе меч, свободно разгуливать по внутренним покоям замка Эдо.
Сдача замка Эдо завершила первую фазу того, что японские историки называют «войной Босин»:
Сайго лично столкнулся с признаками этого надвигающегося кризиса в Эдо. Город патрулировали члены «Сёгатай», или «Лиги демонстрации справедливости» — вновь сформированной бригады из бывших солдат сёгуната. Эти войска помогали поддерживать мир и порядок в период капитуляции замка Эдо, но теперь они испытывали раздражение при мысли о сдаче столицы сёгуната силам Сацума. Из своей базы, расположенной в храме Канэйдзи на горе Уэно, они дразнили императорские войска, а к началу апреля 1868 года начали атаковать императорские патрули. Кацу пытался их удержать, но безуспешно. Хотя эти факты вызывали у Сайго серьезное беспокойство, он не хотел усиливать конфронтацию. При таком большом количестве императорских войск на северо-востоке страны в Эдо силы императора находились в численном меньшинстве. На совещании командования 1/5 Сайго выступил против атаки до прибытия подкрепления, но командующий силами Тёсю, Омура Масудзиро, не согласился с ним. Императорское правительство собиралось сделать Эдо своей новой столицей, и поэтому силы сёгуната необходимо уничтожить. Сайго все еще испытывал сомнения, но когда «Сёгатай» возобновили свои атаки на силы Сацума, он сдался. Финальный штурм был назначен на 15/5. На заре этого дня императорские войска атаковали «Сёгатай». Силы Сацума бросились на штурм главных ворот Канэйдзи и встретили ожесточенное сопротивление. Части из Тёсю с большим запозданием атаковали тыльную часть территории храма, но уже после того, как силы Сацума понесли тяжелые потери. Однако, несмотря на плохую координацию и численное превосходство противника, к вечеру «Сёгатай» были разбиты. Столица сёгуната теперь стала императорской столицей. Через два месяца город был переименован в Токио, что означает «Восточная столица».