Некоторые атлантологи замечают, что майя могли быть простыми первобытными американскими индейцами, приобщенными к цивилизации приплывшими на лодках беженцами из Атлантиды. Однако в свете истории подобные гипотезы маловероятны. Первобытные люди в большинстве своем подозрительны и консервативны, неохотно принимают чужой образ жизни. Если они и позволяют иноземцу поселиться среди них, то только в обмен на его отказ от своих привычек в пользу их обычаев. На самом деле этому пришельцу повезет, если его не съедят, как это случилось с первыми испанцами на Юкатане. Так, норвежцы, приплывшие в Гренландию, не оказали никакого влияния на эскимосов, а, напротив, без следа влились в них. Испанский священник Иероним де Агиляр, проживший среди майя восемь лет и обнаруженный Кортесом, не только не сумел воздействовать на них, но даже почти забыл родной язык. Несмотря на то что иногда первобытные люди перенимают какие-то особенности чужой культуры, если они хорошо вписываются в их собственную, они обычно принимают полную смену культуры только в результате долгого контакта с более развитым обществом или сильного давления с его стороны.
Теперь вернемся к характерным чертам цивилизации майя. Их религия преимущественно напоминала многобожие других раннеземледельческих народов, которое отличается множеством узкоспециализированных богов и сложным календарем наблюдения. Среди их главных богов можно назвать бога неба Итцамну и бога дождя Чака, который до некоторой степени совпадал с богом грозы Кукульканом. Кукулькан, в свою очередь, был эквивалентом Гукумаца киче и Кецалькоатля ацтеков. Как Кецалькоатль, Кукулькан наделялся функциями героя культуры. Предания о том, что он пришел с запада, заставили некоторых ученых предположить, что он являлся в действительности вождем мексиканцев, завоевавшим Юкатан при Новой империи. На более поздних стадиях Новой империи мексиканцы действительно распространили свое влияние на Юкатан, но вел ли их реальный Кукулькан, скорее всего, останется навсегда загадкой.
К Кецалькоатлю-Кукулькану было приковано неестественно пристальное внимание из-за веры испанских монахов в то, что он был апостолом Фомой, который проповедовал среди жителей Америк. Они нуждались в подобной теории для того, чтобы подтвердить постулат Нового Завета о том, что апостолы были посланы во все концы земли, и для этого тщательно изучали Новый Свет в поисках следов апостолов. Обнаружив, что некоторые племена использовали крест в качестве символа (на самом деле обозначавшего четыре направления ветра или основные стороны света), они решили, что нашли признаки христианского влияния.