Обычно лодка подходила к якорной стоянке в сумерки в позиционном положении и проходила за рифы только после тщательной доразведки. На этот раз подводная лодка «I-1» шла обычным маршрутом. У прохода через рифы, как только лодка подняла перископ, она была атакована с кормы американским торпедным катером, который открыл огонь из пулеметов и выпустил по лодке торпеды с дистанции около 1800 м.
Сакамото немедленно отказался от идеи пройти за рифы. Не ожидая пока будет убран перископ, он изменил курс и в отчаянной попытке уйти от атаки приказал погрузиться на глубину 27 м. Почти немедленно над лодкой начали рваться глубинные бомбы, вызывая сильное сотрясение ее корпуса. Свет в лодке внезапно погас, главный рубильник на щите распределения был сорван с места, все моторы остановились, вышло из строя рулевое управление и перестали работать помпы. Воздушная магистраль высокого давления оказалась поврежденной, были выведены из строя аккумуляторы, в центральном посту наступило замешательство. Лодка начала бесконтрольно погружаться с дифферентом на нос в 45°, в связи с чем все незакрепленные грузы и предметы, естественно, начали перемещаться на нос. Сакамото отдал приказание: «Продуть главные балластные цистерны и дать полный ход назад!» Рабочей глубиной погружения для лодки «I-1» считалась глубина 58 м, глубиномер же показывал 137 м, хотя его показания после бомбежки стали исключительно неточными. Матрос, стоявший на управлении кормовыми горизонтальными рулями и испытавший серьезный испуг во время провала подводной лодки на глубину, доложил, что стрелка глубиномера остановилась. Затем лодка начала всплывать, но в это время командиру доложили: «В торпедный отсек поступает вода». Дифферент на нос увеличился, вследствие чего весь груз продовольствия сместился в носовую часть лодки. Внезапно лодка выскочила на поверхность и снова погрузилась. Однако из-за сильного дифферента на нос идти в подводном положении практически не представлялось возможным. Затем лодка коснулась грунта. Настал момент принять решительные меры. С большими трудностями лодке удалось всплыть на поверхность. Открыв огонь по миноносцам и торпедным катерам, лодка едва смогла произвести 4 или 5 залпов, как пулеметным огнем противника у нее был разрушен мостик и перебит находившийся на нем весь личный состав, кроме штурмана, который стремительно спустился по трапу в центральный пост с криком: «К саблям! К саблям!» Для находившихся внутри лодки это было первой вестью о том, что происходит на верхней палубе. Старший помощник командира лодки с саблей в руке выскочил на мостик и обнаружил, что вся прислуга у орудия была перебита, командира лодки не было. Он немедленно собрал запасную орудийную прислугу и, осмотревшись в наступающих сумерках, обнаружил за кормой с левого борта торпедный катер противника, почему-то не стрелявший.
Подводная лодка вышла из Рабаула с поврежденным дизелем левого борта и, идя под одним дизелем, могла развить скорость не более 12 узлов. Лодка трудно управлялась, однако старпом повернул влево, сближаясь с катером противника. Штурман, славившийся мастерством фехтования, пытался с саблей в руках прыгнуть на борт вражеского катера, однако леера катера были слишком высокими, и, уцепившись за них одной рукой, он повис в воздухе, будучи не в состоянии перебраться на борт. В этот момент суда разошлись. Противник снова открыл огонь. Вокруг лодки было, кажется, 3 или 4 вражеских корабля. Вскоре загорелся бензин в моторном переправочном средстве, которое находилось на корме подводной лодки. Яркая вспышка, подобно гигантскому факелу, осветила лодку, давая возможность кораблям противника отчетливо ее видеть, в то время как сами они не были видны с лодки. Вдобавок противник включил прожекторы. 2 из его катеров-охотников за подводными лодками открыли огонь из 50-мм орудий и 20-мм пулеметов. Трудно было определить точно, однако, кроме катеров-охотников, у противника, очевидно, было 2 торпедных катера. Лодка продолжала стрельбу из орудия, но катера противника заходили с кормы, что давало им преимущество. При переоборудовании лодки, для того чтобы разместить на корме моторное переправочное средство, пришлось снять кормовое орудие, поэтому она оказалась в таком невыгодном положении. По торпедному катеру, атаковавшему с кормы, велась стрельба трассирующими пулями из пулемета и винтовок, однако она не была эффективной. С другой стороны, противник, стреляя по хорошо освещенной лодке, часто накрывал цель: его снаряды буквально изрешетили боевую рубку. Механизмы управления рулями были выведены из строя, пришлось перейти на ручное управление.
Торпедные катера выпустили по лодке 3 торпеды; к счастью, ни одна из них не попала в цель. В то время как поглощенный боем старший помощник командира лодки выкрикивал приказания, снаряд из 140-мм орудия попал в катер противника, который затонул под восторженные крики личного состава лодки.