Но внутренний конфликт начал разрастаться к концу войны. Недовольные элементы, ведомые революционной Народной партией Ирана, совершали нападения на персидских землевладельцев, которые доминировали в центральном правительстве и в деревенских администрациях. Обе стороны использовали в борьбе террористические и насильственные методы. В северных провинциях, где находились советские войска, власть в крупных городах захватили революционные партизаны.
Две недели спустя после капитуляции Германии иранское правительство решило обратиться к британскому и советскому правительствам, когда они только собирались начать вывод войск. По мнению шаха, согласно условиям договора 1943 г. они должны были сделать это не раньше полугода после окончания войны между союзными державами и Германией и ее сателлитами. Эта интерпретация договора была сомнительной.
Шах также в данный момент ни в малейшей степени не желал вывода американских войск. Но правительство США настаивало на скорейшем выводе американских войск (всех войск обслуживания, но не боевых частей) из Ирана. Он должен был происходить поэтапно. Военное министерство хотело оставить в стране отдельные небольшие по численности контингенты, всего около четырех с половиной тысяч военнослужащих, до тех пор, пока не будет разгромлена Япония. Одни военные части были необходимы для охраны американских военных сооружений в Иране до того, как их демонтируют. Другие требовались для обслуживания транспортной командной базы ВВС в Абадане, которая была перевалочным пунктом для доставки боевых самолетов в Китай и других военных грузов для американских войск в Индокитае.
Британские официальные лица стояли перед иной дилеммой. Они считали необходимым иметь британские военные подразделения в Юго-Западном Иране для защиты нефтяных месторождений и нефтеперерабатывающего завода в Абадане. Но они осознавали, что даже если из Ирана будут выведены все британские и американские войска, то советские войска останутся. И если они задержатся надолго на севере, эта область может оказаться под постоянным контролем коммунистов. И тогда Советы могут вмешаться во внутренние дела страны и поставить в Иране правительство, послушное Москве.
Советское правительство еще не обнародовало свои намерения. Оно могло попытаться отказаться от вывода своих войск из Ирана или же для обретения популярности в Иране призвать к немедленному и полному выводу всех иностранных вооруженных сил.
В остававшиеся несколько дней до начала Потсдамской конференции шах обсудил с американским послом положение дел, заявив, что опасается планов русских. Он сказал, что он побоялся назначить компетентного премьер-министра, потому что советское правительство сразу же обвинило бы его в фашизме. Однако, если этого не сделать, администрация Ирана будет работать все менее эффективно, экономика не восстановится и политическая анархия только усилится при активном влиянии поддерживаемых русскими левацких группировок. Американский посол, в равной степени как и британский, полагали, что советское правительство намеревалось создать лояльный ему кабинет до вывода войск Красной армии и до проведения в Иране выборов.
В Потсдаме инициативу проявили британцы в связи с их близкими и давними связями с Ираном. Иден (21 июля) предложил вывести одновременно британские и советские войска из Тегерана, столицы, а затем последовательно в несколько этапов осуществить вывод войск и из остальных районов Ирана. Когда главы правительств были готовы начать обсуждение проекта, Сталин выступил с возражением. Он соглашался на немедленную эвакуацию войск только из Тегерана, но был склонен оставить войска на остальной территории Ирана на некоторый более длительный срок, возможно, на шесть месяцев после окончания войны с Японией. Дайте нам время для решения, заключил он. Черчилль был тоже отчасти с этим согласен из-за желания сохранить контроль над нефтяными месторождениями и нефтеперерабатывающими заводами. Было достигнуто соглашение о повторном обсуждении вопроса в сентябре на встрече министров иностранных дел. Трумэн внезапно заявил, что он намерен вывести все американские войска за 60 дней, так как в них имеется потребность на Дальнем Востоке. На что Сталин заметил, что на США лежит обязанность охранять маршруты военных поставок, и добавил: «Чтобы избавить Соединенные Штаты от любых забот, мы обещаем вам, что не предпримем никаких действий против Ирана». Трумэн поблагодарил его за это.
Соглашение начать немедленную эвакуацию из Тегерана, хотя и не последовательное, совместно с заверением Сталина, было сочтено шагом вперед. Кроме того, американское правительство не было обязано торопиться с выводом войск, выполнявших задачи охраны, и персонала, занятого обслуживанием воздушного транспорта и его наземных сооружений. Фактически иранское правительство хотело, чтобы американцы остались и продолжали выполнять свои функции.