Называют, как правило, три главы, с которых Мурасаки могла начать «Повесть о Гэндзи»: «Павильон Павлоний», «Сума», «Юная Мурасаки». Есть, впрочем, ученые, полагающие, что первой была написана глава «Дерево-метла», а главу «Павильон Павлоний» Мурасаки приписала позже. Существует также мнение, что началом «Повести» была утерянная ныне глава «Принцесса Сверкающего солнца» («Кагаякухи-но мия»), повествующая о юности Фудзицубо.
Из «Глав Удзи» начальными считаются главы «Принц Благоуханный», «Красная слива», «Бамбуковая река».
Вопрос о том, в какой последовательности писалась «Повесть о Гэндзи», осложняется еще более из-за ее структурной неоднородности. Уже первые комментаторы-исследователи текста (в частности, Фудзивара Тэйка) обращали внимание на то, что роль разных глав в общей структуре произведения неодинакова: выделяются основные главы
Естественно предположить, что наличие в «Повести о Гэндзи» глав разного типа является отражением не столько внутренних закономерностей произведения, сколько внешних условий его создания и существования.
Вполне возможно, что Мурасаки взялась за кисть, желая написать сравнительно небольшую повесть, но, по мере того как эта повесть писалась (и читалась), автору представлялось необходимым одни линии развить, другие дополнить, и в результате выстроилось колоссальное по объему произведение, объединенное личностью главного героя и проникнутое единым мироощущением.
То обстоятельство, что «Повесть о Гэндзи» писалась не последовательно — от первой главы до последней, а отдельными частями, более или менее внутренне едиными (а к этому мнению склоняются большинство исследователей), объясняет структуру самих глав, характер их зачинов и концовок, а также отсутствие предыстории некоторых персонажей, немотивированность их появления и исчезновения, необоснованность тех или иных действий и ссылка на события, в «Повести» не описанные.
Правда, некоторые ученые объясняют подобные недомолвки и противоречия тем, что отдельные главы «Повести» были утеряны вскоре после ее создания. Называют главы «Принцесса Сверкающего солнца», «Дева из Сакура» («Сакурабито»), «Сумори».
Выдвигается также предположение о существовании другой, более ранней повести (или даже нескольких повестей), из которой Мурасаки позаимствовала своих героев и которая настолько хорошо была известна в ее время, что ссылка на какие-то обстоятельства, связанные с ее содержанием, не требовала объяснений.
В настоящее время почти все исследователи делят «Повесть о Гэндзи» на три части, различающиеся между собой по содержанию, стилю и методу изложения (такое деление ввела в начале нашего века известная поэтесса и переводчица «Повести о Гэндзи» на современный японский язык Ёсано Акико, до нее «Повесть» принято было делить на две части — до главы «Сокрытие в облаках» и после нее):
главы «Павильон Павлоний» — «Листья глицинии» (33 главы), повествующие о жизни Гэндзи от рождения до полного расцвета его могущества в 39-летнем возрасте, могущества, к которому он пришел после ряда злоключений — изгнания, скитаний и пр.;
главы «Первая зелень» — «Кудесник-даос» (8 глав), повествующие о печалях, омрачающих старость Гэндзи, в основном связанных с его новым браком с Третьей принцессой и смертью любимой жены Мурасаки; кончается эта часть смертью героя;
главы «Принц Благоуханный» — «Плавучий мост грез» (13 глав), повествующие о детях и внуках Гэндзи. В центре этой части — история Укифунэ, завершающаяся принятием героиней монашеского пострига, который она предпочитает брачному союзу с Каору.