Иосия, чувствуя, что над его головой сгущаются тучи, подал в свою очередь пространную записку, озаглавленную «Объявление о великом злоумышлении». Суть этого «объявления» сводилась к тому, что Зворыкин выставлялся в нем членом некого тайного общества, задачей которого были государственный переворот, возведение на трон Елизаветы Петровны и соединение православной церкви с латинской и лютеранской.
Для выяснения истины решено было прибегнуть к пыткам. Начали с Иосии; он был пытан во время следствия как минимум дважды, но своих показаний не изменил. Пытали и Зворыкина. Феофан Прокопович, по-прежнему уделявший следствию большое внимание, не успевал уследить за всеми многочисленными допросами и обратился к Анне Иоанновне, чтобы та повелела выдать ему в помощь двух архимандритов — Чудова и Ипатьевского монастырей. По приказу Феофана всех арестантов перевезли на время в Ораниенбаум, где он отдыхал на загородной даче, чтобы ему лично быть в курсе следствия. В это время арестованных, по-видимому, держали на корабле, стоявшем на якоре в заливе.
Материалы следствия содержат порой очень интересные сведения о жизни в Саровском монастыре и его монахах. Вот, например, что говорил на допросе иеромонах Ефрем о первоначальнике Иоанне: «Означенный строитель Иван, мнится мне, состояния не коварного, только начальства над монастырем крепко держался, и того желателен, чтоб ему в его делах, что ему захочется, делать, хотя бы не на потребу обители; а чтоб его любили, того желателен; в вещах, как то в книгах и в других, которые при себе имеет, в тех братии не податлив; нрав имеет, мнится мне, тяжелый».
Так же, как в Саровской, проводилось расследование и в Берлюковской пустыни. Вскрылись многочисленные нарушения правил пострижения в монашество. К допросу по следствию были привлечены некоторые знатные особы из числа благотворителей Саровской и Берлюковской пустыней: княгиня Мария Долгорукова, А. В. Макаров.
После смерти в 1736 году главного обвинителя по делу — Феофана Прокоповича расследование продолжилось. В 1737 году в застенке Тайной канцелярии скончался саровский первоначальник иеросхимонах Иоанн. Похоронен он был в Санкт-Петербурге рядом с Колтовской Преображенской церковью. Эта церковь находилась невдалеке от Тайной канцелярии, и при ней хоронили скончавшихся там арестантов. Могила первоначальника не была никак отмечена, и место ее осталось неизвестно[11].
13 декабря 1738 года был вынесен окончательный приговор.
«Разстригу Якова Самгина вместо смертной казни бить кнутом и, с вырезанием ноздрей, сослать в Камчатку, в работу вечно;
разстригу Ивана Кучина бить кнутом и сослать на сибирские казенные железные заводы в работу вечно;
разстригу Степана Викторова отослать в Военную коллегию для написания в писари;
разстригу Зворыкина вместо смертной казни, сверх бывших ему розысков, бить кнутом нещадно и, с вырезанием у него ноздрей, сослать в Охотский острог в работу вечно;
иеромонаха Ефрема, за важные его вины, по лишении иеромонашества, бить кнутом нещадно и сослать в Оренбург в шахты вечно;
иеродиакону Боголепу, за вины его, лиша монашеского чина, вместо кнута учинить нещадное наказание плетьми и отослать в Военную коллегию, для написания в солдаты».
В 1741 году на престол взошла императрица Елизавета Петровна. Многие люди, осужденные и сосланные во времена бироновщины, получали помилование и освобождались. Из осужденных по Саровскому делу первым был отпущен Степан Викторов (Сильвестр). Он был освобожден от военной службы, и ему вернули монашество. В 1743 году освободили Зворыкина, и в 1744-м он добрался до Саровской пустыни с указанием Московской духовной дикастерии: «…по Всемилостивейшему Ея Императорского Величества указу, из той Сибири освобожден, и посылается к тебе, Настоятелю Дорофею, и быть ему у тебя, Настоятеля, в послушании монастырском, а сверх оного монашества, в другие чины никуда не выбирать».
Саровские монахи стали предпринимать попытки вызволить из неволи остальных. Но сначала, в 1742 году, они попросили вернуть им конфискованные книги. Книги были возвращены. 27 января 1743 года Дорофей рискнул уже обратиться в Синод с прошением на высочайшее имя по поводу томившихся в ссылке людей. Он, ссылаясь на свою старость, просил возвратить в пустынь на его место Иосию и других монахов. Синод переслал запрос в Тайную канцелярию, из которой ответили, что Самгин, Кучин и Короткий (Ефрем) значатся в вечных ссылках и освобождению не подлежат, Боголеп, будучи в Кронштадтском гарнизоне, женился, а иеродиакон Феофилакт, так же как Иоанн, скончался под караулом, о чем в Сарове, видимо, не знали.