Еще в детстве над святым отроком не раз проявлялся дивный покров Божий. Когда ему исполнилось семь лет, мать, осматривавшая не завершенную еще Сергиеву церковь, взяла его с собой на самый верх строившейся колокольни. По неосторожности мальчик упал с колокольни на землю, но остался целым и невредимым. Три года спустя он тяжело заболел, так что домашние уже отчаялись за его жизнь. В это время в сонном видении Прохор увидел Пресвятую Богородицу, обещавшую ему Свое посещение и скорое исцеление от болезни. И в скором времени слова Пресвятой сбылись. В Курске случился ежегодный крестный ход с чудотворной иконой Знамения Пресвятой Богородицы (именуемой «Коренной»); на этот раз по причине дождя и грязи крестный ход прошел прямо через двор Агафьи Мошниной. Агафья поспешила вынести больного сына и приложила его к чудотворной иконе, после чего отрок стал поправляться и вскоре совершенно выздоровел.
На десятом году жизни Прохора начали обучать грамоте. Он обнаружил светлый ум, хорошую память, но более всего полюбил чтение Священного Писания и других душеполезных книг. Старший брат Алексей, занявшийся торговлей, постепенно стал приучать к ней и Прохора. Однако отрок не питал любви к этому занятию. Он и дня не пропускал без посещения церкви: раньше всех в доме ему приходилось вставать, чтобы поспеть на утреню, и лишь затем отрок отправлялся помогать брату. Прохор желал стать иноком. Он поделился своей мыслью с матерью, и та не стала противиться, чувствуя, что такой удел уготован ее сыну.
В августе 1776 года Прохор отправился паломником в Киев, в знаменитую Киево-Печерскую лавру, недалеко от которой, в Китаевской пустыни, жил знаменитый затворник старец схимонах Досифей. Прозорливый старец предугадал в юноше будущего великого подвижника Христова и прямо указал ему отправиться в Саровскую пустынь.
Прохор вернулся в Курск. По просьбе матери он провел здесь еще два года, и 20 ноября 1778 года, накануне праздника Введения во храм Пресвятой Богородицы, Прохор Мошнин явился в Саров, чтобы связать с этой обителью всю свою жизнь.
Строитель (игумен) пустыни, старец Пахомий (кстати, родом тоже из Курска), принял его в число послушников и отдал под начало иеромонаха Иосифа, бывшего казначеем Саровской обители. Прохор с ревностью исполнял все монастырские правила и уставы и нес различные послушания: в хлебне, просфорне, столярне. Столярное дело очень хорошо давалось ему, и первое время его даже звали в обители «Прохор-столяр». Позже он был поставлен будильщиком обители: Прохор должен был раньше всех подниматься и будить братию на церковную службу.
Преподобный старался ни минуты не проводить в праздности, но постоянной работой предохранял себя от скуки, которую считал одним из опаснейших искушений.
В 1780 году Прохор тяжело заболел: все его тело распухло, и он претерпевал жестокие боли; полагали, что у него водянка. Болезнь длилась три года, полтора года Прохор неподвижно лежал в постели, не имея возможности двинуть рукой или ногой. Врача не было, и болезнь не поддавалась лечению. Братия, которые сильно полюбили юношу, всеми силами старались помочь ему; старец Иосиф лично прислуживал ему, настоятель обители старец Пахомий тоже все время навещал больного.
Наконец настоятель решительно предложил Прохору позвать врача. Тот отказался, возложив все упование на Бога. По его просьбе старец Иосиф отслужил всенощное бдение и литургию о здравии юноши, на богослужении присутствовали все иноки обители. Затем Прохор исповедался и причастился на своем одре Святых Тайн. И вот, в момент самого причащения, ему явилась в видении Пресвятая Божия Матерь в сопровождении апостолов Иоанна Богослова и Петра. Обращаясь к Иоанну Богослову, Пречистая сказала, указывая перстом на Прохора: «Сей — нашего рода». Потом она возложила правую руку ему на голову, и тотчас в правом боку его открылась рана, из которой стала вытекать жидкость, причинявшая святому такие страдания. В скором времени он окончательно исцелился, и только следы раны всегда оставались на его теле. Впоследствии Пресвятая Богородица не раз будет являться преподобному в самые тяжелые и ответственные моменты его жизни.
Спустя несколько лет на месте дивного явления Пречистой Божией Матери (то есть на месте кельи Прохора) была сооружена двухэтажная церковь с двумя престолами и при ней больница. По поручению настоятеля Прохор сам собирал пожертвования на ее строительство, причем побывал и на своей родине в Курске. Он уже не застал в живых мать; брат же его, Алексей, оказал щедрую помощь в деле строительства храма. Сам Прохор соорудил своими руками в нижней больничной церкви престол из кипарисового дерева. Престол этот был освящен 17 августа 1786 года (накануне пострижения Прохора) в честь преподобных Зосимы и Савватия Соловецких. До конца своих дней преподобный Серафим причащался Святых Тайн преимущественно в этом больничном храме.