Среди братии нашлись недовольные тем, что преподобный удалился от монастыря. Настоятель обители отец Нифонт также выражал недовольство тем, что старец не принимает причащения в монастырской церкви. Был созван собор из старших иеромонахов. Старцы решили предложить преподобному, если он здоров и крепок ногами, по-прежнему приходить в обитель по воскресным и праздничным дням для причащения Святых Тайн; если же ноги не служат ему (а после трехлетнего стояния на камне так оно и было), он должен перейти на жительство в монастырскую келью. Брат, носивший по воскресным дням пищу святому, передал ему решение монастырского собора. В первый раз старец ничего не ответил. Тогда, спустя неделю, брат повторил соборное распоряжение. В ответ преподобный благословил инока и вместе с ним отправился пешком в обитель. Это случилось 8 мая 1810 года. Преподобному было пятьдесят лет от роду.
По возвращении в монастырь после пятнадцатилетнего пребывания в пустыни начался новый подвиг преподобного —
После пятилетнего пребывания в затворе старец несколько ослабил его. Затем понемногу преподобный стал беседовать с приходящими к нему иноками и мирянами, исповедовать их, все еще не выходя из затвора.
Так святитель принял на себя новый великий подвиг так называемого
По болезни ног он уже не мог часто ходить в свою прежнюю, «дальнюю пустыньку». Ему полюбился так называемый Богословский родник верстах в двух от монастыря. По просьбе старца родник расчистили; Серафим стал повсюду собирать камешки и выкладывать ими дно родника. Впоследствии этот родник получил название «Серафимова» и прославился тем, что от его воды люди получали исцеление от самых различных болезней. На горке возле родника для преподобного был устроен небольшой сруб без окон и даже без дверей, с земляным входом. Позже поставили новую келью с дверями и печью, но также без окон. В этой келье, получившей название «нижней», или «ближней пустыньки», старец проводил все будние дни, к вечеру же возвращался в монастырь. (Впоследствии эта «ближняя пустынька» была перенесена в Серафимо-Дивеевский монастырь, основанный преподобным.)
Сорок семь лет провел к тому времени старец в монастыре, из них шестнадцать лет в пустынножительстве, другие шестнадцать лет в затворничестве, в многолетнем молчании, в неустанных трудах над своей душой. Слава о великом подвижнике давно уже ходила по всей России. Тысячи страждущих духом, чающих наставления, духовного или телесного исцеления устремляются к святому старцу — и теперь преподобный готов принять всех их.
Среди приходящих в обитель были люди самого различного звания: и знатные люди, и государственные деятели, и даже члены императорской фамилии (в 1825 году преподобного Серафима Саровского посетил и принял от него благословение великий князь Михаил Павлович, брат тогдашнего императора Александра I и будущего Николая I; существует предание, согласно которому святого незадолго до своей смерти посетил и император Александр I). Но более всего было простолюдинов, крестьян. Поток паломников к «батюшке Серафиму» особенно возрос в последние годы его жизни; иной раз ему приходилось принимать до двух тысяч и даже более человек. Старец как бы насквозь видел каждого, и слово его исцеляло многих, даже зачерствевших душою людей.