13 марта 1803 года в монастырских хрониках был зафиксирован пожар в братской трапезной и хлебной. Запись об этом пожаре интересна тем, что в ней упомянуты саровские пустынножители. «При погашении пожара сего были и пустынники, — отец Серафим, отец Дорофей и отец Мефодий (будущий схимонах Марк), кои, услыша в пустыни необыкновенный звон, скорейше поспешили на пожар. Отец Серафим во время пожара с молитвою осенял крестом, носимым на себе, горящее здание; о. Дорофей гасил пламя; а о. Мефодий, вышед вне пустыни на малое расстояние, стоя на коленях, молил Бога, дабы огнь погас, и обитель избавилась от беды».
Выше уже упоминалось о непростых отношениях Серафима Саровского с Нифонтом — девятым настоятелем Саровской пустыни. Нифонт, судя по всему, был сложной фигурой с сильным и независимым характером. «Порядок» — вот наиболее часто употребляемое слово при характеристике Нифонта и его методов управления монастырем, «…о. Нифонт выказывал… особую свою ревность к водворению везде и во всем должного порядка. Любовь к порядку была его главною отличительною чертою… это был живой образец порядка».
Естественно, далеко не всем в монастыре это нравилось. В начале игуменства Нифонта на него поступил донос в Тамбовскую епархию. Но епископ Феофил (Раев) поддержал настоятеля. Что бесспорно, в годы игуменства Нифонта (1807–1842) значительно укрепилось благосостояние Саровской пустыни. Годовой доход монастыря, например, возрос с 32 тысяч рублей в 1810 году до 107 тысяч в 1820-м. Быстрый рост доходов шел в основном за счет эксплуатации лесных богатств в монастырских владениях, доля дохода, полученная от лесопромышленности, составила в 182 5 году 65 процентов. В то же время удельный вес чисто церковных доходов в монастырском бюджете заметно упал, хоть они и выросли по абсолютной величине: 4600 рублей в 1787 году (82 процента всех доходов) и 16 300 рублей в 1825 году (20 процентов).
Монахи перестали сами выполнять тяжелую физическую работу, это стали делать в монастыре наемные рабочие — временные и постоянные (годовые). Если в 1785 году наемных рабочих числилось в Сарове 56 человек, то в 1820-е годы — от 200 до 400. И в дальнейшем это число росло. В связи с ширящейся экономической деятельностью монастырем были приобретены подворья в губернском центре Тамбове (в 1810 году) и Москве (в 1811 году), в придачу к уже имевшимся домам в Арзамасе и Темникове. При Нифонте Саровская пустынь приобрела богатых благотворителей. Однако именно при Нифонте дух пустынничества, дух старчества уходил из Сарова. Когда много лет спустя в Сарове предприняли попытки возродить старчество, — ничего не получилось. Это был уже совсем другой монастырь.
В 1888 году в Саров неожиданно прибыл управляющий канцелярией Синода В. К. Саблер. Вслед за ним монастырь посетили менее значительные чиновники.
Был прислан более молодой и энергичный настоятель. Приезд «варяга» не вызвал в монастыре былого неприятия. Игумену было поручено собрать и систематизировать все сведения о чудесах, исцелении и знамениях, совершенных Серафимом Саровским. Задание было выполнено, и уже в 1892 году сведения были переданы в Тамбов. Там специальная комиссия составила документ, содержащий перечень 94 чудесных знамений и исцелений. В 1895 году этот документ был отправлен в Синод. Именно в этот период были восстановлены места, связанные с памятью знаменитого старца. Над могилой преподобного Серафима была возведена чугунная часовня. Были начаты работы (в 1897 году) по строительству храма над кельей преподобного. Они завершились в непосредственном преддверии канонизации Серафима Саровского.
Через 70 лет после кончины преподобного Серафима Саровского, в январе 1903 года состоялось освидетельствование мощей святого, тогда же Святейший Синод с одобрения императора Николая II причислил Серафима Саровского к лику святых.
Сложности возникли уже с момента освидетельствования мощей старца. Кстати, до сих пор нет однозначного отношения как ученых, так и церковных служителей к акту освидетельствования останков преподобного. Во время осмотра в гробу был найден медный крест. В житиях же Серафима отмечалось, что похоронен он был с финифтяным образком преподобного Сергия Радонежского на груди, полученным им в подарок из Троице-Сергиевой лавры от архимандрита Антония. Несоответствие было сразу отмечено многими. Один из заметивших это людей написал даже письмо в Синод, где говорил, что «…останки вряд ли принадлежат преподобному старцу Серафиму, а по всей вероятности, Марку-затворнику, нетленное же тело преподобного Серафима еще находится в земле».