В сражениях гражданской войны никто уже не вспоминал о кодексе рыцарской чести. Благородные капитаны времен итальянских кампаний, барон Ад-рет и Монлюк, превратились в жестоких карателей, руководствовавшихся принципом «цель оправдывает средства». Так, захватив Монсегюр и приказав повесить тамошних королевских чиновников и консулов, Монлюк стал решать, как поступить со взятым в плен командиром местного гарнизона капитаном Эро, который во время итальянской кампании служил у него в роте. В конце концов он отказался слушать заступников, — по его словам, «много людей хотели спасти капитана по причине его необычайной отваги», — и отдал приказ его повесить. Ведь если бы капитану удалось спастись, «он бы организовал сопротивление нашему войску в каждой деревне», — объяснил свой поступок Монлюк. С сильными противниками Монлюк поступал так же, как и барон Адрет, — он предавал их смерти.
По свидетельству Монлюка, во время взятия Монсегюра было убито семьсот человек, все улицы в крепости были усеяны трупами, а тех, кто, пытаясь спастись, прыгал со стен, добивали солдаты.
Доблестные капитаны, герои войны в Италии, отвечали террором на террор. Желая отомстить за священников, которым в Базасе вырвали языки, и за женщин из Ажене, которых Дюра приказал нафаршировать порохом, а потом взорвать, Монлюк повесил семьдесят протестантов под крышей рынка в Таргоне и еще сорок в Совтер-де-Гиени. Жестокость католиков не уступала жестокости протестантов, так было и в Гйени, и в Гаскони, и в Дофине, и в долине Роны, и в Форезе. Когда начинаешь исследовать события тех далеких лет, возникает ощущение поистине вселенского хаоса, постоянно усугублявшегося недальновидными действиями военачальников, которые несли с собой террор. Люди содрогавшиеся при одном только упоминании их имен, в ужасе бежали или сдавались на милость победителей.
Анархия, воцарившаяся практически во всем королевстве, способствовала возвышению капитанов, заставлявших трепетать целые провинции.
Барон дез Адрет и Блез де Монлюк, безусловно, являются наиболее крупными фигурами Первой религиозной войны; однако весомые роли в городах и регионах играли не одни они. Царившие повсюду в королевстве мятежные настроения, особенно ярко проявившиеся в городах, объясняют феномен востребованности и возвышения капитанов.
Так, в крупных городах Лангедока — Монпелье, Ниме и Безье — жители поддержали Реформацию. Чтобы дать отпор протестантам, в эту провинцию был послан в качестве наместника (второе после губернатора лицо в начальственной иерархии) виконт де Жуаез. Жуаез осадил Монпелье, но вскоре вынужден был отступить, так как провансальские католики, решившие поддержать его, 27 сентября 1562 года были разбиты неподалеку от Сен-Жиля. Усилия Жуа-еза не увенчались успехом; тем не менее они вполне наглядно характеризуют атмосферу конфликта: на всей территории Франции формировались вооруженные отряды, возникали многочисленные внутренние фронты.
В Бургундии капитан-католик Таванн вытеснил из региона капитана-гугенота Монбрена, захватившего там власть с помощью «бандитов из Дофине и Прованса» (31 мая 1562 года). Затем он взял Макон и прошел по долине Соны. Его собрат Жан де Марконнэ, прозванный «капитаном Монтаре», ординарный палатный дворянин французских королей Франциска I и Карла IX, захватив Мулен, приказал повесить двух ремесленников-протестантов «без суда» и изгнал из города всех, кто показался ему подозрительным. «Затем он спустил с узды своих солдат», и те начали убивать людей, грабить дома и окрестные фермы. Заслуги Марконнэ не были забыты: он был назначен губернатором Бурбоннэ.
8 провинциальной глубинке дворяне тоже принимали участие в католической реконкисте. Франсуа де Гомбо, сеньор де ла Гомбардьер, захватил остров Олерон и стал его губернатором, а в качестве награды получил орден Святого Михаила.
9 августа 1562 года Карл IX поручил Жану де Буажурдану выступить с отрядом аркебузиров в район Сабле-сюр-Сарт, дабы усмирить мятежников и бунтовщиков, которые в городе Краоне разорили могилу Анна де Ла Тремуйля и раскидали по улицам внутренности покойного. С целью прекратить грабежи люди Буажурдана брали в плен протестантов и «крошили в куски» всех, кто оказывал сопротивление. В 1567 году Буажурдан стал главой города Сабле.