В своих мемуарах Монлюк неоднократно опровергает обвинения в жестокости и грабежах. Как и барон Адрет, он с возмущением говорит об этом, тем более что лично ему война нанесла немалый ущерб. Когда Монлюку было за семьдесят, во время осады Рабастенса, а именно 23 июля 1570 года, он был ранен в лицо: пуля, выпущенная из мушкета, снесла ему нос. С тех пор он вынужден был носить кожаную маску, скрывавшую его уродство. Он стал мишенью для гугенотов, прозвавших его «носачом» и сочинявших о нем язвительные куплеты.
Бороться с насмешниками было трудно: 1562 год давно миновал, и юго-западные провинции, некогда видевшие в нем защитника от протестантских армий, перестали в нем нуждаться. Екатерина Медичи с сожалением констатировала, что звезда Монлюка настолько потускнела, что король Карл IX перестал замечать ее. Стремясь освободиться от влияния королевы-матери, Карл предложил Колиньи стать членом Королевского совета. Желая доказать адмиралу свое искреннее расположение, король даже решил пожертвовать несколькими капитанами, известными своей жестокостью и непримиримым отношением к гугенотам. Исходя из этих соображений король сместил Блеза де Монлюка с поста наместника провинции Гйень, а затем отправил в Еиень председателя счетной палаты, следователя и советника Большого совета, поручив им проверить, на что были израсходованы общественные деньги, полученные Монлюком за время последней военной кампании. Классический и эффективный способ выявить нарушения: в те времена большинство военачальников заботилось о том, как победить в сражении, а не о том, как правильно распорядиться доверенными им средствами. А систематические грабежи населения, проживавшего в тех местах, по которым проходила армия, всегда позволяли пополнить полковую казну.
Чиновники начали принимать жалобы всех, кто пострадал от военных кампаний Монлюка, и опрашивать свидетелей. Пострадавших было так много, что в одной только Имени в ответ на жалобы было произведено две тысячи юридических действий. Монлюк чувствовал себя вдвойне оскорбленным. Во-первых, рана, полученная им, сделала его инвалидом до конца дней, а во-вторых, трое из четырех его сыновей погибли, сражаясь за короля. И он, разумеется, ожидал, что заслуги его и его семьи будут признаны и оценены государем. Постоянное стремление унизить его, принести в жертву ради примирения с протестантами, казалось ему верхом несправедливости.
Расследование его деятельности на посту наместника заставила Монлюка перейти к активной обороне. Желая оправдаться перед двором и открыто выразить свое возмущение неблагодарностью сильных мира сего по отношению к мелкому гасконскому дворянину, ставшему крупным военачальником исключительно благодаря собственным заслугам и мужеству, он написал «Комментарии». В них он неоднократно подчеркивал, что никогда не продавался за деньги, всегда был неподкупен и придерживался своей собственной системы ценностей, основанной на принципах чести. «Ради корысти никогда не утрачивал я ни чести своей, ни совести, и никогда не нарушал присяги, данной королю перед Богом, — писал Монлюк, — ибо я обещал служить верно и честно и положить все мои силы для защиты жизни короля и его короны… Меня хотели обвинить… в том, что я разграбил и обложил поборами край ради собственного обогащения (…) Штаты Лиени (…) могут подтвердить вам, что ничего подобного я не совершал».
То ли растроганный его словами, то ли обеспокоенный вмешательством влиятельных католиков, выступивших в защиту Монлюка, Карл IX отправил 8 апреля 1572 года во владения опального капитана уведомление о прекращении расследования (что вполне может быть приравнено к помилованию или амнистии). Вскоре король назначил капитану пенсию. А за три года до смерти, 20 сентября 1574 года Монлюк стал маршалом Франции.
Во время расследования, проведенного чиновниками, многие католики дали показания в пользу Монлюка: они полностью одобряли его действия на юго-западе Франции. Протестанты, напротив, свидетельствовали против Монлюка. В целом же общественное мнение, большей частью представленное католическим населением, желавшим разделаться с «гугенотами», оправдывало действия Монлюка в Шени и Гаскони.