Гизы безжалостно применяли постановления Генриха II против кальвинистов. Они устроили облаву в предместье Сен-Жермен, именуемом «маленькой Женевой», но проживавшие там дворяне-протестанты оказали вооруженное сопротивление. В различных кварталах столицы были произведены обыски и аресты. Демонстрируя всем приверженность политике покойного короля в отношении протестантов, Гизы приказали казнить дю Бура, советника парламента, арестованного при Генрихе И. Казнь эта вызвала многочисленные протесты, однако они не поколебали стремление Лотарингцев подавить протестантское движение. Согласно постановлению, принятому Парижским парламентом 23 декабря 1559 года, все дома, где проходили недозволенные религиозные собрания, должны были быть стерты с лица земли.
Эти карательные меры вызывали недовольство протестантской знати, возмущенной тем, что власть в государстве прибрал к рукам один политический клан. Американский историк Хардинг, изучивший записи государственных секретарей относительно текущих расходов, отметил, что если в 1553 году, во время правления Генриха II, выплаты из королевской казны, сделанные по просьбе Гизов, составили 23%, то в 1560 году, когда оба брата взяли в руки бразды правления, выплаты эти возросли до 74%, а в 1561 году, когда Гизы были вынуждены отойти от власти, процент выплат снизился до 0%. Выплаты, осуществленные в течение этого же времени по просьбам коннетабля Монморанси, составляли от 10% до 0%. После смерти Франциска II королевская казна оказалась во власти Екатерины Медичи, и по ее просьбам из нее было осуществлено 68% выплат. Занимая самые высокие посты в государстве, Гизы распоряжались казной и должностями, щедро черпая из первой и раздавая вторые, и таким образом поощряя друзей, приверженцев и клиентелу.
Большая часть дворян считала сложившееся положение несправедливым, и чувствовала себя обиженнной. Гизов обвиняли в незаконном захвате власти, в том, что, воспользовавшись юным возрастом короля и его неопытностью, они обманом заставили его принять решение в их пользу. Поползли слухи о готовящемся государственном перевороте, многие говорили о необходимости избавить монарха от пагубного влияния Низов. Дворяне-протестанты, давно готовые поднять мятеж, все больше надежд возлагали на принцев крови, и прежде всего на Конде, казавшегося всем естественным главой оппозиции. Сам Конде собирал свидетельства о бесчинствах Низов, и говорил, что Генеральные штаты должны привлечь узурпаторов к суду.
Принц Конде вполне мог поплатиться жизнью за свои угрозы: Гизы усмотрели в них объявление войны всему их клану и стали готовить ответный удар. Однако несмотря на сделанные им заявления, Конде оставался в тени, поэтому историки и по сей день задаются вопросом, какую роль мог бы он сыграть в заговоре в Амбуазе. Конде всегда отрицал свое участие в этом заговоре, равно как и свое присутствие на тайном собрании заговорщиков в Нанте, состоявшемся 1 февраля 1560 года. Знал ли он о заговоре? Давал ли свое согласие на действия заговорщиков?
Свидететельства вождей протестантов не позволяют дать однозначный ответ. Естественно, они не поддерживали Конде, потому что он был младшим сыном, а оказывали предпочтение Антуану де Бурбону, королю Наваррскому, ибо тот, будучи старшим, являлся воплощением легитимности. В своем «Наставлении в христианской вере» Кальвин написал, что Генеральные штаты могли бы сыграть роль «опекунов» свободы народов. В октябре 1559 года в одной из бесед с пастором Шандье Кальвин пошел еще дальше, заявив, что король Наварры мог на законных основаниях, как первый принц крови, созвать Генеральные штаты. Однако Антуан этого не сделал. Боялся, что его обвинят в узурпации власти короля? Разумеется, он понимал, какую опасность может представлять его персона непосредственно для Низов. Когда он отправил своих эмиссаров за помощью в Германию, Гизы приказали арестовать их, и один из посланцев, Гаспар дю Э, был казнен.
Был ли Конде настроен столь же нерешительно, как и его старший брат? Или, напротив, он перешел Рубикон, поддерживая в тайне восстание дворянства? Ни одного заслуживающего доверия источника, способного дать ответ на этот вопрос, до сих пор не обнаружено. Заговор в Амубазе по-прежнему считается делом рук мелкого и среднего дворянства.