Инквизиторов в конечном итоге назначал папа, который являлся верховным главой священного трибунала. Инквизиционный суд, как чрезвычайный, не подлежал цензуре, контролю ни со стороны папских легатов, ни со стороны руководителей монашеских орденов, назначавших инквизиторов.
В 1245 году папа Иннокентий IV решил, что инквизиторы должны получать прощение грехов от других инквизиторов, таким образом, они становились практически неподсудны и освобождались от повиновения руководителям своих монашеских орденов. Инквизиторы получили право являться непосредственно к папе и решать возникшие проблемы и вопросы.
Однако самостоятельно инквизиторы не могли справиться с возложенными на них обязанностями – настолько велики были провинции – отведённые им «наделы». Поэтому им было даровано право назначать себе помощников – эмиссаров, которые могли быть приняты на службу или уволены лишь самим инквизитором. Как правило, таких эмиссаров, или викариев, как их также называли, инквизиторы посылали в отдалённые уголки подвластных им территорий.
Как мы уже говорили во вступлении, всякому, даже королю, кто препятствовал деятельности инквизитора или подстрекал к этому других, грозило отлучение от Церкви. «Ужасная власть, – отмечает Г. Ч. Ли, – предоставленная таким образом инквизитору, становилась ещё более грозной благодаря растяжимости понятия «преступление», выражавшееся в противодействии инквизиции; это преступление было плохо квалифицировано, но преследовалось оно с неослабной энергией. Если смерть освобождала обвинённых от мщения Церкви, то инквизиция не забывала их, и гнев её обрушивался на их детей и внуков».
Организационно же инквизиторами и их «отделениями» в разных странах руководили сначала генерал-инквизиторы, которые назначались папой, а впоследствии – различные учреждения Римской курии.
Генерал-инквизиторство было учреждено в середине XIII века папой Урбаном IV (1261 – 1264), который назначил на эту должность своего доверенного кардинала Каетано Орсини. Последний оказался очень талантливым организатором и прекрасным интриганом, что после кончины папы Урбана IV позволило ему легко занять его место под именем папы Николая III (1277 – 1280). Орсини, став папой, в свою очередь, назначил генерал-инквизитором своего племянника кардинала Латино Малебранку. Ему он хотел передать в наследство свой «трон», но тут уже возмутились кардиналы, провалившие Малебранку на очередных выборах папы. После смерти последнего пост генерал-инквизитора оставался некоторое время вакантным. Он был занят ещё только один раз при Клименте VI (1342 – 1352). Но поскольку с этим постом были связаны одни неприятности и зависть кардиналов, со временем его упразднили.
Когда возникло протестантство, католической церкви пришлось принимать меры по борьбе и с этой ересью. Поэтому в 1542 году возникло новое учреждение – «Священная конгрегация римской и вселенской инквизиции». «Честь» её организации принадлежит папе Павлу III.
С течением времени, когда дел стало много, инквизиторам потребовались помощники, и они стали получать их от местных епископов, с которыми и так находились в тесном контакте. Именно местные епископы давали инквизиторам формальное разрешение на проведение арестов, на начало следствия. Они часто присутствовали на пытках и почти всегда – на судебном процессе.
Инквизитор и епископ действовали с общего согласия, и тем не менее каждый из них имел право самостоятельно преследовать виновных. Постановления о взятии под стражу могли быть утверждены лишь одновременно ими обоими. То же самое касалось пыток и окончательного приговора, для каковых заключение обоих было необходимо. Когда же мнения их расходились, они обращались к папе.
Если инквизитор был не в состоянии поехать в соседний город для проведения дознания или по иной надобности, то он отправлял туда назначенного им же самим эмиссара или викария. Последние имели право даже выносить приговоры. Уже в 1248 году Валансьенский собор прямо обязал епископов объявлять и исполнять решения инквизиторов под угрозой, что им будет запрещён вход в их собственные церкви. А уже очень скоро (а именно в 1257 году решением папы Александра IV) епископы перестали иметь «право голоса» – и инквизиторы сосредоточили всю деятельность в своих руках.
В XIV веке инквизиторы стали прибегать к услугам так называемых квалификаторов, которые осуществляли «юридическую поддержку». Как правило, они тоже были церковниками и следили за тем, чтобы судебное производство инквизиции не противоречило по сути существовавшим гражданским законам. Они же помогали в случае затруднения с поиском необходимых церковных актов, уставов, булл и декретов. Как правило, при ознакомлении «юрисконсульта» с делом обвиняемого оригиналы документов никогда не предоставлялись, а изготовлялись специальные копии, из которых были со всем тщанием изъяты имена еретика, доносчика, свидетеля и всех сопутствующих конкретных «географических» деталей.