Своих сыновей Алексей Михайлович не обряжал для потехи в немецкое платье и даже запретил его для своих придворных в 1675 году с мотивировкой: «..дабы иноземных извычаев не перенимали» (правда, сам в украшениях и аксессуарах следовал королевской моде — заказывал в Европе кружева, нитяные перчатки и чулки и т. п.).
Придавая огромное значение обучению старшего сына, наследника престола Алексея Алексеевича, отец выбирал ему в воспитатели и учителя только людей добрых и, с его точки зрения, ученейших. Сначала школьные азы царевичу преподавал Алексей Тимофеевич Лихачев, широко известный даже иностранцам как «человек доброй совести». В 1664 году, когда царевичу было уже десять лет и он получил начальное образование, Алексей Михайлович выбрал в качестве второго «дядьки» своего лучшего друга и единомышленника Федора Михайловича Ртищева — тот был освобожден от всех должностей (главы Дворцового, Литовского и Лифляндских дел приказов), чтобы сосредоточиться на обучении и воспитании будущего царя. За шесть лет, отданные служению благородному делу формирования личности нового русского монарха, Ртищев так сильно привязался к своему подопечному, что после неожиданной смерти того в 1670 году впал в депрессию, удалился от двора и замкнулся в себе.
Царевича учили с учетом передовых достижений европейской педагогической мысли. Уже была известна теория Яна Амоса Коменского, увязывавшая формы обучения с возрастом ребенка и развитием его психики. Примерно в эти же годы Епифанием Славинецким был сделан перевод с польского издания 1538 года пособия Эразма Роттердамского
Иностранцы давно возмущались манерой поведения русских на людях, в особенности за столом. А поскольку царевич в дальнейшем мог не только стать русским государем, но и польским королем (русское правительство об этом всерьез подумывало в связи с «безкрулевьем» в Речи Посполитой 1668–1669 годов), умение вести себя в соответствии с западным этикетом могло сослужить ему хорошую службу при баллотировании на польский престол. Во всяком случае, впервые в русской традиции воспитания появились правила хорошего тона. Книга была составлена по типу катехизиса — содержала 164 вопроса и ответа: о правилах поведения в церкви и училище, за обеденным столом, в гостях; об умении вести беседу и ношении одежды, об осанке, мимике и жестах при общении; о поведении во время игр; о гигиене тела, правильном сне и пр. Примечательно, что большинство этих норм остаются общепринятыми и в наше время. Занимательность изложения, рассчитанная на детей, сделала эту книгу самой популярной в Европе, в России же ее знали немногие. Переводчик назвал ее «Гражданство обычаев детских», поясняя, что термин «гражданство» подразумевает «обычаев добросклонность и человекопочтительство». В виршах, помещенных в предисловии, говорилось о трех составляющих воспитания— добродетели, мудрости и благонравии. Вполне вероятно, что царевич Алексей, а потом и царевич Федор держали эту книгу в руках или слушали ее в изложении своих учителей. Знаменитое «Юности честное зерцало» 1717 года во многом основывалось на этом же сочинении.
Круг занятий юного Алексея можно представить по тематике книг в его библиотеке, картинкам на стенах его комнат. Известно, что в его покоях были развешаны 50 гравюр на познавательные темы, 14 географических карт, стояли два глобуса. Библиотека внушительных размеров (более двухсот томов) включала много исторических произведений. Русскую историю мальчик изучал сначала по миниатюрам обширного Лицевого летописного свода — например, поход князя Игоря Новгород-Северского на половцев в 1185 году он мог детально представить себе, разглядывая 180 картинок, посвященных ему, — затем переходил к чтению летописей. Мировую историю царевич осваивал по Библии, впервые изданной в России в полном объеме в 1663 году. Из 169 глав хронографа (в редакции 1617 года) он мог почерпнуть сведения об истории Древней Греции, Троянской войне и античной мифологии, о возникновении Польского и Чешского государств, об открытии Америки и многом другом.