Для первых царей из дома Романовых смерть предшественника на троне не только означала огромную личную потерю, семейную трагедию, но и вызывала сильнейший стресс, связанный с опасением появления самозванцев, придворного заговора, заминки с присягой, да мало ли каких других обстоятельств, способных приостановить или даже нарушить законный переход власти от отца к сыну. Несмотря на то что Михаил Федорович перед смертью благословил сына на царствование, Алексею Михайловичу в первые дни после смерти отца пришлось пережить немало тревог. По стране давно ходили слухи, что Алексей «подменный», а не подлинный сын государя. За границей — то в Польше, то в Турции — появлялись очередные самозваные «государи», заявлявшие о своих правах на российский престол. Один из них, Иван Луба, в 1644 году был привезен в Москву польским посольством Гавриила Стемпковского, и правительство ломало голову, что с ним делать. Дело в том, что Лубу с детства намеренно растили в убеждении, что он сын Марины Мнишек, чтобы в нужный момент выставить его кандидатуру на российский престол (настоящий сын Марины и Лжедмитрия II, Иван «Воренок», был трехлетним повешен в Москве в 1614 году). По настоянию Москвы Лубу привезли из Польши для суда, но Стемпковский тянул время и не выдавал бедолагу, справедливо утверждая, что тот лично ни в чем не виноват. Но сам факт наличия очередного «чудесно спасшегося» мог вывести из равновесия кого угодно. (8 августа 1645 года государь, которому уже присягнули все подданные, милостиво простил Ивана Лубу и разрешил ему уехать в Польшу под честное слово короля, что нечаянный самозванец никогда не предъявит прав на русский трон.)
Медлить с присягой было никак нельзя. И присягать Алексею Михайловичу начали, не дожидаясь утра, можно сказать, у неостывшего тела его отца — «нимало помедлив», «тое же ночи и того часа, егда приставися к Богу». Из Успенского собора был принесен крест с частицей честных древ Животворящего Креста Господня. Из Разрядного приказа доставили крестоцеловальную запись, составленную незадолго до смерти государя. Все, кто был в ту ночь во дворце, начали впопыхах приносить присягу… царице Евдокии и только затем ее сыну. Когда и почему имя царицы оказалось на первом месте, никто не знает. Оказывается, были заготовлены две крестоцеловальные записи: в одной первым шло имя Алексея, в другой — Евдокии. Только 14 июля глава Боярской думы Федор Иванович Шереметев велел поставить на первое место имя наследника, а не матери-царицы… Тогда же были посланы гонцы во все уезды и «во все полки» для проведения крестоцелования новому правителю. Приведением к присяге «всех чинов московских» руководили чудовский архимандрит Кирилл, боярин князь Никита Иванович Одоевский, окольничий Семен Васильевич Прозоровский и думный разрядный дьяк Михаил Волошенинов.
Войска, находившиеся тогда в Туле для отпора ежегодным летним набегам крымских татар и «ногайских людей», грабивших приграничные города и уводивших в плен сотни жителей, стояли в полной боевой готовности под предводительством князя Я. К Черкасского. Уже 17 июля в Тулу прибыл князь А. Н. Трубецкой «для государского и земского великого дела», и сразу же в соборе была проведена присяга. Процедура продолжалась целый день, а назавтра Трубецкой послал отчет государю о ее успешном завершении. Князь стал первым, кого новый царь пожаловал боярским чином. После того как присягнули вся Москва и войска, царь мог вздохнуть спокойно: дело было решено, в остальных местах можно было проводить присягу не так поспешно.
Алексей Михайлович прожил на два года меньше отца. Его смерть в январе 1676 года кажется какой-то нелепой случайностью. Он вел активную жизнь: принимал послов, смотрел театральные постановки, с молодой женой и вельможами слушал концерт приехавшего с нидерландским посольством музыканта. Ничто не предвещало беды. Простое недомогание дополнилось простудой, а вместо лечения, предписанного докторами, царь выбивал из себя лихорадку ледяным квасом и «компрессом» из толченого льда… Судя по всему, Алексей Михайлович не боялся смерти. Нельзя сказать, что он был храбрецом, но страх смерти сумел побороть еще в молодые годы, о чем и рассказал Никону в цитированном выше письме о смерти патриарха Иосифа. Он без прикрас описал, какой великий страх испытал, когда пришел ночью в церковь, чтобы проститься с покойным. У гроба не было никого из «сидельцев», только один священник кричал псалмы, отворив все двери. Царь сделал чтецу замечание и получил ответ, что кричит тот от страха — живот усопшего ходит ходуном! Приглядевшись, Алексей Михайлович «едва не свалился с ног»: «…грыжа-то ходит прытко добре в животе, как есть у живого, да и мне прииде помышление такое от врага: побеги де ты вон, тотчас де тебя, вскоча, удавит; а нас только я да священник тот, который Псалтырь говорит; и я, перекрестясь, да взял за руку его, света, и стал целовать, а во уме держу то слово: от земли создан, и в землю идет, чего боятися?»