Уже через неделю с начала последней болезни Алексея Михайловича врачи признали его положение безнадежным. 29 января 1676 года патриарх Иоаким исповедовал и причастил его, а через три часа царь скончался. Большой колокол зазвучал мерным набатом, продолжавшимся до самых похорон. Дежурные слова — «угасла свеча страны русской, померк свет православия, прияв нашествие облака смертного», — конечно же, не отражают реального горя людей, окружавших царя, судьбы которых зависели от его жизни и смерти. Придворные поспешили устроить крестоцелование новому монарху.
Зимней ночью больного Федора на руках отнесли в Успенский собор для проведения присяги, хотя в этот раз власти Романовых ничто не угрожало — ни самозванцев, ни других претендентов на престол не было. Присяга продолжалась всю ночь, а наутро Соборную площадь покрыли ковровыми дорожками с черным сукном посередине, по которым тело умершего государя при огромном стечении народа понесли в Архангельский собор.
Из описаний траурной процессии следует, что она была прекрасна, всё было «по чину», красиво и благопристойно — именно так, как любил Алексей Михайлович. Даже похороны его были расцвечены золотом и серебром: впереди процессии несли сень, затканную золотыми и серебряными цветами и усыпанную жемчугом и бриллиантами. За ней шествовали 300–400 священнослужителей в великолепных облачениях со свечами в руках. Перед патриархом несли золотые хоругви, Владимирскую икону Божией Матери, Животворящий Крест Господень с частицами мощей великих чудотворцев. Предстоятеля вели под руки два боярина, за ними шел весь Освященный собор. Придворные в «смирных» (траурных) платьях несли на плечах крышку («кровлю») гроба, покрытую алой парчой с золотыми и серебряными узорами. Гроб несли отдельно, а тело по традиции было положено на сани. Покойного обрядили в бархатное платно, вышитое красным и зеленым шелком с жемчугом, сверху был покров из золотого аксамита с серебром и тоже с шитыми узорами. Новый государь Федор Алексеевич, в «смирном» одеянии с вишневым воротником-ожерельем, черной шапке, с черным посохом в руках, не мог идти самостоятельно — «скорбел ножками», и его несли «в креслах». Из других родственников на похороны была допущена только вдова-царица Наталья Кирилловна. Как и полагалось по чину, ее несли на санях. В Архангельском соборе гроб установили в каменную усыпальницу (там он простоял шесть недель, прежде чем тело было предано земле).
Во время траурного обряда случился инцидент между патриархом Иоакимом и царским духовником Андреем Савиновым. Еще при жизни государя поведение его духовного отца, служившего в Благовещенском соборе, вызывало нарекания начальства. Его обвиняли в сожительстве с чужой женой, пьянстве, нарушении поста, глумлении и прочих вещах. Патриарх обращался с жалобами на Савинова к самому монарху, однажды посадил царского духовника на цепь в темнице, и даже Алексей Михайлович не смог уговорить святейшего помиловать беспутного священнослужителя. При положении тела скончавшегося самодержца в гроб в руки ему положено было вложить «прощальную грамоту», что входило в обязанности царского духовника. Однако патриарх лично сделал это, за что и получил от Савинова поток оскорблений. 14 марта 1676 года Иоаким созвал церковный собор, осудивший протопопа за все его прегрешения; он был лишен сана и сослан в Кожеезерский монастырь.
В день царских похорон придворный поэт Симеон Полоцкий вручил новому монарху «утешительную книжицу». Это уже была не первая книга «плачей» по усопшим. Еще в 1669 году поэт сочинил и передал Алексею Михайловичу «Френы, или Плачи всех санов и чинов православно российского царства» на смерть царицы Марии Ильиничны. Первым был помещен плач от имени самого царя, далее шли плачи «лик чад царских», царевен, чина духовного («пресветлаго сингклита»), «православного воинства», всех градов державы, «всех странных и пришлых», нищих, вдовиц и сирот, «Церкви ратующей» и др. На каждый плач отвечало утешение от имени веры, надежды, любви, премудрости, воздержания, мира, заступления, Церкви торжествующей: «Остави слезы, престани рыдати, царю вернейший, время плачю стати». Типично барочная форма диалога и прения завершалась «Словом последняго целования» от имени почившей царицы, обращающейся по очереди ко всем плачущим, а также любимым Симеоном лабиринтом с заключенными в него словами «Вечная память».
Однако в новом произведении «Глас последний» Симеон не просто воспроизводил «плачи» и «утешения» от разных лиц, а взял на себя смелость воссоздать духовное завещание умершего Алексея Михайловича сыну. Глас «со заветом отчим» исходил от самого умершего, который обращался также и к патриарху Иоакиму, «всему пресветлому царскому дому и ко всем саном духовным и мирским». Царь оставлял наследнику 80 «велений» и требовал, чтобы они были исполнены, «аще хощеши благословен быти». Главное веление: