В первые семь лет царствования Алексей опирался в основном не на патриарха Иосифа, а на своего духовника, протопопа Благовещенского собора Стефана Вонифатьева. Шестнадцатилетний государь, только что потерявший отца, не нашел взаимопонимания с престарелым патриархом, не сумевшим, по-видимому, заручиться его доверием. Иосиф сильно отличался от того образа предстоятеля, который закрепился в сознании москвичей благодаря суровому и решительному Филарету. Возвышение Иосифа можно считать случайным. С 1639 года он был архимандритом Симонова монастыря и мог бы остаться им до конца жизни, если бы в 1642 году не была вытянута бумажка с его именем. Это были первые выборы патриарха по жребию. Сначала царь собственноручно написал имена шестерых иерархов, запечатал каждую записку своей печатью и отправил на церковный собор. Их в два приема по три штуки закладывали в наперсную икону-панагию, которую носили предыдущие патриархи, клали ее перед иконой Владимирской Божией Матери, совершали молебен и затем вынимали одну из трех бумажек; в третий раз вытянули один из двух оставшихся жребиев и, не распечатывая, отправили царю, который и огласил имя нового патриарха.
Камнем преткновения между Алексеем Михайловичем и патриархом Иосифом стал вопрос об отмене церковного многогласия. Кружок «ревнителей Древлего благочестия», возглавляемый Стефаном Вонифатьевым, в который помимо царя входили архимандрит Новоспасского монастыря Никон, епископ Коломенский Павел, настоятель Казанского собора на Красной площади Иван Неронов, протопопы Аввакум, Логгин, Лазарь и Даниил, а также окольничий Федор Михайлович Ртищев, боролся за восстановление древней традиции читать и петь всю церковную службу полностью, в один голос, а не в два или три голоса одновременно в разных местах храма разные части службы. Возврат к длительной и утомительной единогласной службе, по всей видимости, не отвечал ни потребностям прихожан, ни желаниям священнослужителей. В 1649 году Иосиф созвал церковный собор, осудивший Вонифатьева за противодействие церковному синклиту, однако царь не утвердил это решение. Для Алексея Михайловича это было дело принципа: он прилагал все усилия, чтобы вернуть в храм проповедь, прекратить разговоры и смех во время богослужения, поощрял издание церковно-учительной литературы нового образца, стремился изгнать из жизни народа языческие и еретические обряды и праздники. Поначалу патриарх Иосиф поддерживал начинания ревнителей благочестия — увеличил издание богослужебной литературы, изгонял из городов скоморохов и т. п., — но затем рассорился с ними. Вонифатьев «лаял» его и весь Освященный собор за отказ от введения единогласия. Когда патриарх попросил царя наказать своего духовника за бесчестье церковных иерархов, то получил отказ. Отношения царя и предстоятеля окончательно испортились, Алексей Михайлович подыскивал нового кандидата на святительский престол, так как Иосиф был уже очень стар. Государь остановил выбор на своем «собинном друге» Никоне.
Когда дни патриарха были уже сочтены, Алексей Михайлович приходил навестить его и был страшно удивлен его «греховным» поведением: Иосиф отказывался принести покаяние и причаститься перед кончиной, проявив, по мнению царя, малодушие и пренебрежение «правильной смертью». Для него самого понятие греха было стержневым, он искренне стремился не совершать ничего греховного, быть хорошим христианином, следовать Божьим заповедям буквально, править царское дело, избегая прегрешений. Поэтому провинившегося человека он всегда называл грешником, усиливая это понятие эпитетами типа «враг Божий», «богоненавистник», «христопродавец», «единомысленник сатаны», «треокаянный» и т. п. Вспыльчивый царь порой и бранился, и даже пускал в ход кулаки, но брань его почти всегда носила характер религиозных укоров за грехи; лишь изредка, видимо, доведенный до белого каления, он пускал в ход ходившие в народе выражения «дурак», «злодей», «проныра», «шпынь»,[7]
«скот» и т. д. Царь был отходчив, быстро остывал, совестился и начинал просить прощения или по крайней мере объяснять свою горячность: «..дороги ль мы пред Богом с тобою и дороги ль наши высокосердечныя мысли, доколе отвращаемся, доколе не всею душою и не всем сердцем заповеди его творим?»Церковные дела волновали Алексея Михайловича чрезвычайно. Он поддерживал начинания всех членов кружка Вонифатьева, в особенности боярина Ртищева, ближе которого из «ревнителей» к царю был только Никон. Если Алексей Михайлович и Федор Ртищев были очень схожи по характеру и «единодушны» в устремлениях, то Никон воспринимался царем как «столп благочестия», на который можно и нужно опереться.