Выходец из мордовских крестьян, в миру звавшийся Никитой Миновым, поднялся на самую вершину церковной власти исключительно благодаря царю. Вначале он был сельским священником, а в 1635 году после смерти всех своих детей принял постриг и убедил сделать это свою жену. В силу своего тяжелого характера и религиозной нетерпимости Никон легко наживал врагов. Из Анзерского скита Соловецкого монастыря он вынужден был уйти после ссоры со старцем Елеазаром. Прожив четыре года в Кожеезерском монастыре, он был избран его игуменом и должен был в 1646 году явиться «ударить челом» недавно вступившему на престол Алексею Михайловичу. Никон сумел произвести на царя столь сильное впечатление, что тот указал ему остаться в Москве и нашел для него место архимандрита Новоспасского монастыря, где была родовая усыпальница бояр Романовых. С этого момента началась дружба молодого царя и угрюмого максималиста и ортодокса. Никон каждую пятницу навещал монарха для бесед, вошел в кружок «ревнителей» и вскоре стал для царя большим авторитетом, чем его духовник. Уже через три года, 11 марта 1649-го, во время пребывания в Москве иерусалимского патриарха Паисия Никон был возведен в сан митрополита Новгородского и Великолуцкого. Всё окружение царя прекрасно понимало, что следующей ступенью в карьере Никона будет сан патриарха, который он и получил в 1652 году после кончины Иосифа.
Новый предстоятель потребовал от царя дать ему карт-бланш во всех церковных делах, при этом выговорил себе право вмешиваться в дела светские. Примечателен официальный титул, который был утвержден при его посвящении: «Божиею милостию великий господин и государь, архиепископ царствующего града Москвы и всеа великия и малыя и белыя России и всеа северныя страны и помориа и многих государств патриарх». Помимо него Никон имел еще и титул «великий государь», который носил Филарет, и претендовал на неограниченную власть, какой тот обладал при Михаиле Федоровиче.
Став патриархом, Никон практически сразу приступил к церковным реформам, обсуждавшимся еще в кружке «ревнителей». Многое он предпринимал, ни с кем не советуясь, «сам собою». «Что смыслил, то и ткет», — говорилось о его действиях на церковном соборе 1666–1667 годов. В народе же появилась поговорка, метко характеризовавшая патриарха: «Любит сидеть высоко, а ездить далеко».
Основная задача реформ заключалась в приведении русских богослужебных книг в соответствие с греческими и унификации обрядов, в первую очередь крестного знамения, которое с 10 июля 1653 года Никон указал осуществлять по греческому образцу — тремя перстами вместо двух, принятых Русской церковью и узаконенных Стоглавым собором в 1551 году. Троеперстие патриарх ввел своим указом, без созыва собора, что сразу же было поставлено ему на вид прежними единомышленниками, в частности протопопом Аввакумом. Остальные реформы, касавшиеся поклонов, движения крестных ходов (с запада через север, восток и юг — посолонь, то есть по солнцу, или в обратном направлении — противусолонь), написания и произнесения богослужебных текстов и т. п., принимались уже с одобрения церковных иерархов.
Не вдаваясь в подробности церковных реформ Никона, отметим только, что исследователи считают их причиной не только «нестроение» в обрядах и ошибки в текстах, но и стремление патриарха привести русское православие в единообразие с современными греческими церковными нормами и тем поставить Русскую церковь в один ряд с другими ортодоксальными церквями, что давало бы московскому патриарху основания для претензий на лидерство в православном мире. Это подтверждается и строительством Воскресенского Новоиерусалимского монастыря под Москвой на реке Истре, переименованной Никоном в Иордан. Патриарх не просто мечтал повторить храм Гроба Господня и все остальные святыни Иерусалима — он жаждал сделать «второй Иерусалим» прекраснее первого.
Царь поддерживал реформы Никона, даже несмотря на то, что множество людей из его ближайшего окружения и придворных выступили против них. Так, его старшая сестра Ирина Михайловна не оставляла попыток вернуть старую веру. Именно она спасла протопопа Аввакума от урезания языка.
Никону очень не нравилось, что Монастырский приказ контролировал церковное землевладение, а из ведения церковного суда была изъята часть дел и передана гражданскому. Однако конфликт царя и патриарха произошел не на этой почве. Патриарх, уподобляясь папе римскому, поставил свою власть выше царской. Конечно, поначалу Тишайший сам уступил лидерство «великому государю патриарху», выразив свое отношение к нему драгоценным подарком — золотой тиарой, какой никогда еще не носили московские предстоятели (кстати, во время суда над Никоном эта тиара фигурировала в качестве доказательства его посягательства на царскую власть).