Практически возле каждого жилого помещения Кремлевского дворца существовали маленькие садики, называемые «красными» — по мнению И. Е. Забелина, за красоту оформления; современный исследователь В. Д. Черный считает, что этим названием подчеркивалась их функция парадного объекта. Эти сады именовались также верховыми, поскольку и сами хоромы царя и членов его семьи находились на втором и третьем этажах Кремлевского дворца, а сады были устроены на каменных сводах над палатами и погребами, что дало исследователям основание называть их также «висячими». Известно, что садовник Назар Иванов в 1623 году при устройстве верхового сада выбирал по всем садам Москвы лучшие яблони и груши и высадил в него из собственного сада «три яблони большие наливу да грушу царскую». В 1635 году садовники Иван Телятевский и Тит Андреев «строили сады в Верху и на Цареборисовском дворе», а садовник Никита Родионов «поднес царю Михаилу и сыну его царевичу Алексею в их сады яблони и груши». Особенно любили висячие сады царицы и царевны, вынужденные почти всё время проводить во дворце. В этих «домашних» садиках росло всего по несколько деревьев и кустарников (в основном яблони и груши), цвели цветы, висели шелковые клетки с певчими птицами…
Самым большим из них был Верхний государев сад, находившийся возле Столовой избы, напротив царской Постельной палаты. По предположению И. Е. Забелина, он существовал уже при Иване Грозном. При Алексее Михайловиче в 1657 году по образцу «аптекарского сада» там были посеяны и высажены «розные цветы» лекарственного назначения, поскольку сделать это повелевалось «дохтуру», а не садовнику. В 1665 году по указу царя был разбит и «верхний новый сад»; столбы и решетки в нем были расписаны красками (в основном красной свинцовой — суриком). Для отдыха государя в нем было устроено деревянное царское место, расписанное красками иконописцем Ф. Евтифеевым. Сверху кресло украшал позолоченный двуглавый орел с короной, внутри оно было обито красным сукном, а лежавшая на нем подушка набита «бумагою хлопчатою». В 1667 году этот сад получил имя собственное: «Красный сад, что на сенях». Там висели клетки с соловьями, обтянутые зеленой тканью.
При Федоре Алексеевиче, из-за больных ног иногда неделями не выходившем из покоев, комнатный сад стал играть особо значимую роль. Еще до восшествия на престол у него был свой верхний сад, про который известно только, что в нем были расписные перила и двери. Уже будучи царем, в 1679 году Федор указал создать новый верховой висячий сад возле Екатерининской церкви в сторону Патриаршего двора; для него были сделаны деревянная резная и расписная беседка, 15 решеток, десять больших дверей, 100 круглых столбов и столько же капителей, «базов» и «маковиц», 37 четырехугольных столбов с прописанными «дорожниками». Сад был большим, в нем росли плодовые деревья, кустарники и цветы; из дворца в него вели каменные переходы с окнами, балясинами и решетками, а из покоев царя — отдельная лестница.
В 1681 году Федор Алексеевич приказал разобрать Столовую избу и верховой государев сад своего отца, сделать на том месте площадь, а садовые строения перенести в Нижний набережный сад.
Сады не стали страстью юного Петра Алексеевича. Он интересовался не комнатным садом своей матери, а Потешной площадкой, устроенной около его комнат. Вместо яблонь и груш у его хором располагались потешный шатер, изба, рундук с колодами для деревянных пушек с ядрами, обшитыми кожей, и другие предметы военного быта. В садах же его привлекали только пруды, на которых можно было потренироваться в вождении малых судов и поиграть в морские сражения.
У цариц были собственные комнатные сады, а у царевен — один общий, в который выходили окна их хором и который тянулся узкой полосой в 23 аршина (16,5 метра). Он представлял собой несколько квадратов гряд и цветников, между которыми прокладывали доски для прогулок Выращивали там, по мнению И. Е. Забелина, только цветы: пионы, тюльпаны, лилии, нарциссы, розы, гвоздики, фиалки, а также «цветы касатис» (ирисы), «мымрис», «орлик» (аквилегию), «девичью красу» (фуксию), «коруны» («венцы») и др.
Известно, что в 1685 году был перестроен сад около хором вдовой царицы Натальи Кирилловны: его основание перекрыли свинцовыми досками, чтобы подвести воду и сделать небольшой пруд; насыпали земли и сделали гряды и ящики для цветов, посадили 24 яблони и восемь груш, грецкие орехи и «цареградский орех» (бук), кусты «сереборинника» (шиповника). Этот сад принадлежал впоследствии сыну Петра Великого Алексею и просуществовал до пожара 1737 года. Так же, как и в мужских комнатных садах, в верховых садах цариц и царевен на лето вывешивались клетки с соловьями, канарейками, перепелками и попугаями.