За стенами Кремля на противоположном берегу Москвы-реки еще со времен Ивана III (1462–1505) существовал большой Государев сад, созданный после страшного пожара 1493 года. Его схематичное изображение можно найти на планах Москвы конца XVI–XVII века. Государев сад в Замоскворечье имел вытянутую форму неправильного прямоугольника, в длину простиравшегося примерно на то же расстояние, что и кремлевские стены вдоль Москвы-реки. На наиболее подробных планах — М. Мериана (1643) и А. Олеария (1656) — видны ряды деревьев (два вдоль восточной стены сада, один вдоль южной стены и шесть в центре), отмечены квадратные участки-куртины (шесть в западной стороне сада и 12 в восточной), каждая делилась пересекающимися крест-накрест аллеями, образовывая четыре квадрата с центральной круглой клумбой. На плане Олеария впервые обозначена церковь Святой Софии, находившаяся в центре сада; неподалеку от нее нарисована одна большая грядка, а еще шесть прямоугольных гряд изображены в северо-восточном углу сада. По наблюдениям историков, замоскворецкий Государев сад к 1661 году был уже частично потеснен городской застройкой вдоль реки, что отразил план А. Мейерберга, датируемый этим годом. На планах Москвы последующего времени этого сада уже нет, что объясняется, скорее всего, постепенным его исчезновением. По всей видимости, интерес царской семьи к нему угас, хотя, как видно из плана Олеария, в середине века сад был в полном порядке и даже в расцвете. Должно быть, Алексей Михайлович любил с высоты кремлевских стен и башен озирать окрестности и наслаждаться видом своего сада за рекой. Но позднее, когда началось активное создание садов в загородных царских усадьбах, где можно было развернуться во всю мощь, царь, видимо, перестал уделять внимание замоскворецкому Государеву саду.
Существовали и другие царские сады за пределами Кремля, имевшие хозяйственное или лекарственное назначение. Из переписи дворцовых садов 1701 года известно, что «аптекарский сад» занимал участок в 140 квадратных саженей (300 квадратных метров) от реки Неглинки до «воловьего двора»; Васильевский сад находился в Белом городе и отличался от других тем, что его садовники не получали жалованья и выращивали «про себя сверх садового строенья и на продажу капусту, огурцы и иной всякой летний овощ».
Во времена первых Романовых, в особенности при Алексее Михайловиче, сады в подмосковных царских вотчинах стали предметом не только хозяйственного, но и художественного интереса. В каждой загородной усадьбе — Коломенском, Воробьеве, Рубцове-Покровском, Острове, Воскресенском, Алексеевском, Преображенском, Измайлове — наряду с большими имелись малые «красные» сады. В 1663 году царь приступил к реализации своего проекта создания образцового хозяйства в Измайлове, в который помимо пашен, лугов, «аптекарского огорода», пчельников, прудов для разведения рыбы и водоплавающей птицы, зверинцев, полотняного, стекольного, чугунолитейного производств были включены и сады разных видов, размеров и местоположения.
Эти сады органично вписываются в ряд новомодных «потех» и «прохлаждений» Алексея Михайловича. Они создавались не по традиционным древнерусским образцам, а по ренессансным и барочным европейским стандартам приехавшими из Европы специалистами. В Измайлове царь приказал разбить несколько замечательных садов. В 1667 году были построены обводной канал и несколько запруд на реке Серебрянке, что позволило окружить территорию Государева двора водой и таким образом создать искусственный остров. Уже тогда на спуске к воде существовал террасный сад, с юга к острову примыкали роща и часть лесного массива.
Ближайшим к усадьбе был квадратный Виноградный сад, располагавшийся за прудом севернее острова, самый большой по площади (он занимал 16 десятин, то есть более 16 гектаров). В его центре на квадратных участках высевали гречку, рожь, овес, коноплю, ячмень, пшеницу; высаживали мак, «немецкие цветы и травы», смородину, малину, яблони, грецкие орехи и др. По краям на четырех круглых куртинах должны были расти груши, сливы и вишни. Свое название сад получил благодаря винограду, из которого царь, по словам голландского дипломата Конрада фан Кленка, «для курьеза велит делать вино». Центральная часть (10–12 метров), между делянками пшеницы и смородины была покрыта алыми маками.
Для любования садом в дождливую погоду были сооружены гульбища — крытые галереи с четырьмя шатровыми резными воротами — и увеселительные расписные терема «со всходы и красными окнами, кругом их перила; около теремов пути, меж путей столбцы точеные», с большими окнами, сквозь которые можно было любоваться великолепием планировки и цветового решения сада.