На место Долгорукова был прислан из Петербурга великий князь Сергей Александрович, — и не пришелся ко двору. Москва так и не смогла ему простить отставки «Хозяина», к тому же великий князь был чужак, петербуржец, держался (будучи от природы человеком застенчивым и закрытым) сухо и неприветливо, «по-столичному», в городе бывал нечасто, предпочитая свою резиденцию в Нескучном, а летом подмосковное Ильинское, без охраны не появлялся (на что имел основания — в 1905 году его взорвал эсер Каляев). Его считали гордым, мелочным, обидчивым, за глаза обвиняли в Ходынской трагедии, — словом, не любили…
Важную роль в московской жизни играло городское самоуправление, появившееся еще во времена Екатерины Великой. Ее органом была Дума, именовавшаяся до 1862 года Общей и Шестигласной. Общая была законодательным органом, а Шестигласная, называвшаяся так потому, что включала в себя шесть человек, — исполнительным. Во главе исполнительной думы стоял городской голова, чаще всего состоятельный купец (хотя бывали на этом месте и дворяне, в том числе титулованные — князь А. А Щербатов, князь В. А Черкасский, князь В. М. Голицын, известный общественный деятель Б. Н. Чичерин и др.).
Занималась Дума вопросами формирования городского бюджета, строительства, городского благоустройства и благообразия, транспорта, просвещения, благотворительности и т. п. Размещалась Дума первоначально в трех небольших комнатках в здании присутственных мест (на его месте позднее было выстроено специальное здание городской думы, более известное теперь как Музей Ленина). Вообще в этом здании, как и располагавшемся по другую сторону китайгородской стены губернском правлении, сосредоточивались почти все московские власти: здесь находились гражданская и уголовная палаты (то есть суды) и долговая тюрьма, известная как «Яма».
В 1862 году городская дума была реорганизована в Общую (законодательную) и Распорядительную, а еще через десять лет она стала называться просто городской думой, при которой состояла городская управа (исполнительный орган). В этот период размещались они в одном из домов графов Шереметевых на Воздвиженке.
Заседали в думе выборные представители городских сословий, называвшиеся «гласными». Выборы гласных производились раз в четыре года. Право голоса имели москвичи-домовладельцы. Всего было чуть больше двадцати тысяч избирателей, в том числе немало женщин. Распоряжался выборами городской голова. Избиратели входили в зал для голосования по билетам, удостоверявшим их полномочия. Каждого сопровождал служащий городской управы с мешком шаров. Вдоль стен стояли ряды баллотировочных ящиков (для каждого кандидата свой). В каждом ящике было два отделения — правое избирательное и левое неизбирательное. Над ящиком (для тайности голосования) было устроено что-то вроде рукава из черной мягкой ткани. Нужно было всунуть в него руку с поданным шаром и скрыто опустить в ту или иную дырку. Об уровне «сознательности» голосующих свидетельствует такой случай. Однажды на выборы явился купец, имевший право на два шара: свой и по доверенности от жены. Обойдя ящики, он с самым довольным видом заявил, что поступил по справедливости и никого не обидел: в каждом ящике один шар клал налево, другой направо.
По истечении времени голосования производился подсчет и объявлялся результат. Несмотря на отсутствие политических партий, на выборах шла оживленная борьба между кандидатами и вообще бушевали нешуточные страсти, хотя большинству горожан ни до выборов, ни до самой Думы не было, правду сказать, никакого дела. Большинство москвичей даже вряд ли могли бы вот так с ходу сказать, кто у них городской голова, не говоря уже о гласных — видимо, дела в городе шли хорошо и все было как следует (вспомним графа С. Г. Строганова). В итоге большая часть московских городских голов девятнадцатого века, всех этих Куманиных, Мазуриных, Колесовых, Гучковых, как бы ни радели они о преуспеянии города и какими бы достойными людьми сами ни были, была прочно, хотя и незаслуженно, забыта Москвой. Не стал исключением и Сергей Михайлович Третьяков, брат и душеприказчик знаменитого создателя Третьяковской галереи, занимавший свой пост полтора срока. Вошел в московское предание лишь один городской голова — энергичный и даровитый Николай Александрович Алексеев.
Представитель известного и состоятельного купеческого рода (из которого вышел, между прочим, и знаменитый режиссер Константин Сергеевич Алексеев, по сцене Станиславский), владелец золотоканительной фабрики, Николай Александрович в 1880 году был избран гласным городской думы, а через пять лет стал головой и занимал этот пост два срока.