Злопамятный Меншиков пошел на углубление конфликта и предложил 2 ноября Шафирова «от Сената отстранить». Это предложение было занесено в сенатский протокол, чтобы потом доложить о нем государю. Одновременно светлейший князь высказал мнение о необходимости потребовать от Шафирова объяснений относительно «досадных разговоров» и поступков, «противных регламенту и присяге». 13 ноября Сенат приступил к обсуждению этого вопроса, при этом Меншиков и Шафиров как заинтересованные лица покинули зал заседаний. Однако сенаторы, разделенные на две враждебные партии, не смогли прийти к согласованному решению. На последующих заседаниях Сената перепалки между противниками не прекращались, что, по сути, парализовало работу высшего органа государственного управления. Шафиров дошел уже до открытых оскорблений в адрес Меншикова. «Я в подряде не бывал, и шпага с меня снята не была», — заявил он, намекая на наказание Александра Даниловича за подрядные махинации.
Тем временем Петр возвратился из похода; Скорняков-Писарев и Шафиров поспешили отправить ему доношения с взаимными обвинениями. Меншиков также послал государю письмо, в котором осуждал поведение «буйного сенатора». Сразу же по прибытии в Москву 9 января 1723 года Петр I повелел создать Вышний суд для расследования вышеописанного эпизода.
Шафиров тешил себя надеждой выиграть процесс и пытался направить суд на путь расследования упущений в работе Сената и злоупотреблений обер-прокурора, однако государь проявил интерес лишь к инциденту произошедшему 31 октября. «В скасках писать, — напутствовал он судей, — только то, как Писарев Шафирову говорил, чтоб вышел и чел ли указ, а Шафиров против того что говорил и для чего не вышел, а не другие слова, что, бранясь, говорили».
Любопытны показания сенаторов по данному делу. Меншиков всячески хвалил деятельность Скорнякова-Писарева и обвинял Шафирова в том, что он кричал на обер-прокурора и грозился не позволить тому вмешиваться в дела сенаторов. Головкин и Матвеев также отмечали хорошую работу обер-прокурора и утверждали, что споры, крики и «помешки» исходили только от Шафирова. Совершенно иначе картину событий описали Голицын и Долгорукий, заявившие, что Скорняков-Писарев вторгался в сенатские приговоры, навязывал сенаторам свое мнение и не давал им «порядочно голосами, ни советами дел оговаривать». Мусин-Пушкин уклонился от прямого ответа, сославшись на то, что из-за дряхлости и болезни он не всегда присутствовал на заседаниях Сената. Брюс усмотрел в действиях обер-прокурора лишь одно упущение: тот иногда нарушал процедуру обсуждения. Однако события 31 октября все свидетели описали примерно одинаково, подтвердив отказ Шафирова подчиниться обер-прокурору, предложившему ему покинуть заседание Сената(156
). Вышний суд приговорил Шафирова к смертной казни — отсечению головы.Пятнадцатого февраля 1723 года Петр Павлович был привезен на простых санях из Преображенского приказа в Кремль, где его ожидали плаха и палач. Его возвели на эшафот, предварительно сняв парик и старую шубу. Осужденный несколько раз перекрестился и положил голову на плаху. Палач взмахнул огромным топором, но ударил им возле головы Шафирова. После этого кабинет-секретарь А. В. Макаров от имени императора объявил, что «преступнику, во уважение его заслуг, даруется жизнь». Он был лишен имущества и вместе с семьей отправлен в ссылку в Новгород, где жил в нищете почти два года — до смерти Петра. Екатерина I объявила бывшему вице-канцлеру амнистию и вернула его ко двору.
Сенаторы князья Голицын и Долгорукий, поддерживавшие Шафирова, были подвергнуты денежному штрафу. Не избежал наказания и Скорняков-Писарев, который был разжалован в солдаты и лишен всех поместий. Но в связи с коронацией Екатерины Алексеевны 7 мая 1724 года он получил чин полковника и половину конфискованного имущества.
В ноябре 1723 года Петр I в назидание издал строгий указ: «Ежели кто из чинов сенатских такое упрямство учинит против указов, как Шафиров учинил в Сенате 31 октября 1722 года, такого, объявя в Сенате, арестовать»(157
). Вся вышеописанная история послужила сенаторам хорошим уроком: с этого времени споры и брань на заседаниях высшего органа государственного управления уже не возникали.С 1710-х годов Петр I начал подготавливать грандиозную реформу центральных государственных учреждений, предполагавшую замену многочисленных приказов коллегиями по европейскому образцу. 12 февраля 1712 года царь издал указ об учреждении в Москве Коллегии для управления торговлей, в связи с чем началось формирование ее канцелярии в Петербурге. В том же году Петр предполагал основать еще несколько коллегий, аналогичных шведским(158
).