Еще во время регентства Софья полностью обустроила свою любимую обитель. Возвели трапезную с церковью Успения, надвратные Преображенскую и Покровскую церкви, на стенах появились зубцы — «ласточкины хвосты», а башни украсили резные ажурные «короны». Завершила весь комплекс органично вписанная шестиярусная колокольня высотой 72 метра, составленная из восьмериков. Два яруса (третий и пятый) были открытыми, и на них размещались колокола. Самый древний из них — малый зазвонный. Когда и где был отлит этот колокол — неизвестно. Архаичность его формы позволяет предположить более раннее его происхождение, нежели середина XVI века. Дата 1551 год, как и вся гравированная надпись на колоколе, указывает лишь на то, что в этом году при Иоанне Грозном на него был нанесен данный текст. Среди колоколов Новодевичьего монастыря были и подаренный князем А. Воротынским в 1628 году, и отлитый в 1626 году повелением царя Михаила Феодоровича, благословением патриарха Филарета, по обещанию великой государыни инокини Марфы Ивановны, матери царя и бывшей жены патриарха, для вклада в церковь Покрова Пресвятой Богородицы в дворцовое село Рубцово. Колокол являлся одним из пяти, составлявших целый набор, изготовленный единовременно. Был и колокол, отлитый в 1651 году при царе Алексее Михайловиче. Для новой колокольни при правительнице Софье самый известный колокольный мастер Федор Моторин отливает в 1684 году колокол весом 540 пудов.
…В начале XVII века акцентируется роль Кремля как центра управления Русским государством (это хорошо видно на плане «Кремленаград», выполненном в те годы). Из него убрали все, что не соответствовало его новому статусу. Там остались Царский двор, Патриарший двор, Казнохранилище, Арсенал и другие важнейшие государственные службы; два монастыря — Чудов и Вознесенский; подворья известных русских монастырей: Крутицкое, Кирилловское, Троицкое — и дворы известных русских родов Шереметевых, Мстиславских, Вельских, Годуновых.
В Россию зачастили иностранцы. Эрих Пальмквист, инженер-капитан артиллерии, в отчете о поездке в Москву сообщал королю Швеции Карлу XI: «Я сам в разных местах тайно наблюдал и рисовал, рискуя собой, а также получал за деньги некоторые сведения от русских подданных».
Подъем в 1674 году Большого Успенского колокола весом 8 тысяч пудов на главную колокольню Кремля остался замеченным на века благодаря «любознательности» шведского капитана. По рисунку можно судить, что использовалась прогрессивная и сегодня схема подъема при помощи установленных наверху воротов и целой системы противовесов, рычагов. Небольшие площадки висели на канатах, соединенных через блоки с механизмом подъема, и по мере их загружения значительно уменьшалось усилие, необходимое для подъема колокола. Колокол поднимали на высоту, когда можно было под него положить брус, и дальше все повторялось.
Колокольня Ивана Великого, собрав колокола с земель, признавших главенство Москвы, возвещала своим звоном о рождении государства Российского.
Корнелий де Брюин в 1702 году в своих «Записках» о Москве писал: «С высоты Ивановской колокольни открывается самый лучший вид на город со множеством каменных церквей, которыми он наполнен. Церковные и колокольные главы некоторых из них позолочены, что производит чрезвычайное впечатление, когда солнечные лучи падают на эти главы и играют на них…» В самом начале XVIII века при Петре I в древней столице начинают возводить монументальные общественные здания с башнями. Эти вертикали еще больше украсили веками сложившийся богатейший силуэт города. Самыми интересными и заметными были Меншикова башня (церковь Святого Архангела Гавриила), которая по высоте была почти равна колокольне Ивана Великого, и Сухарева башня с надстроенным шпилем. В башне размещались обсерватория и Навигационная школа. К сожалению, эти уникальные сооружения не сохранились до наших дней.
Еще в конце XVII века земли, начинавшиеся на месте современного Главпочтамта и уходящие на восток по берегам Чистых прудов, стали собственностью всесильного А. Д. Меншикова. По его указанию была разобрана прилегающая к задуманной усадьбе церковь Святого Архангела Михаила и на ее месте стали возводить башню-храм.
Меншикову башню строили по проекту И. П. Зарудного с 1704 по 1707 год. В церковном синодике о ней говорится: «Прежде был высокий шпиль с великолепными украшениями, и в верхнем этаже поставлены были часы с курантами из Англии, которые били каждый час и четверть часа, а в 12 часов начиналась колокольная музыка и продолжалась целые полчаса».